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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003608

染色体: Chr07 坐标: 42320059-42321856 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003608
名称SmilChr07G003608
描述uncharacterized SmilChr07G003608
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向42320059 - 42321856 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994239
GeneID130994239
locus_tag-
NCBI NameLOC130994239
原始查询SmilChr07G003608

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]; symbol=AT3G47680; hit=AT3G47680; species=arabidopsis; confidence=low
产物DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]; symbol=AT3G47680; hit=AT3G47680; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G47680 (AT3G47680)
DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922]
identity=33.2; qcov=0.475; evalue=1.39e-21; confidence=low
RiceOs01g0527900
-
identity=28.2; qcov=0.812; evalue=5.57e-21; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994239

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775261.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775261.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775261.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775261.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057775261.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:42320064 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 35 A16,A25,B103,B111,B131,B133,B16,B36,B49,B50,B56,B57,B58,B6,B72,B74,B79,B85,B87,B95,B96,C1,C19,C35,C38,C4,C40,C41,C43,C60,C7,C72,C73,C82,D1
Chr7:42320078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,C31
Chr7:42320090 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,A9,B13,B133,B136
Chr7:42320112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr7:42320113 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B8,C3
Chr7:42320123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B8,C3,D11
Chr7:42320747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:42320766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr7:42320792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr7:42320880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr7:42320887 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 10 A1,B117,B131,B23,B57,B75,C31,C56,C75,C83
Chr7:42320899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919278.1
ATGGCGGATTCTAGCTCCCAAAATTTCGATTCTAGTAATTCAAGCTCCCAAAATATTCAAGGTTCCTATTTTCCAACTTCACAATACCATCACATGTCCTACCCTCAACAACAATTTCCATACAACTACCAAATGTCTTCGAATTTTCCCCAACAATTTCCATTCAACTCTCCTGGTGGTTCAAATTTTCCTCAACAATTTCCATTCAACTCTCCTACTGGACCAAGCTTTCATCCACAATTTTCATCCAATTTTCCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994239
ATGGCGGATTCTAGCTCCCAAAATTTCGATTCTAGTAATTCAAGCTCCCAAAATATTCAAGGTTCCTATTTTCCAACTTCACAATACCATCACATGTCCTACCCTCAACAACAATTTCCATACAACTACCAAATGTCTTCGAATTTTCCCCAACAATTTCCATTCAACTCTCCTGGTGGTTCAAATTTTCCTCAACAATTTCCATTCAACTCTCCTACTGGACCAAGCTTTCATCCACAATTTTCATCCAATTTTCCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775261.1
MADSSSQNFDSSNSSSQNIQGSYFPTSQYHHMSYPQQQFPYNYQMSSNFPQQFPFNSPGGSNFPQQFPFNSPTGPSFHPQFSSNFPSTYFMPPPNQFQENSSQFPQHSSQIPVVVDDDVEEVGKSTATTKETKAAWSPDEDILLVKAWYNTSTDSIIGNQQKRKDFWEKITAYYNEWKPEDTAARSLSQVKNHYYRINPNLNKWAGIYNNFWSNRASGQGDDDVLKAAKRAWRNDDPKNKDFKFFHVWKMIQTCGKWTPQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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