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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003614

染色体: Chr07 坐标: 42443647-42444849 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003614
名称SmilChr07G003614
描述uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向42443647 - 42444849 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994241
GeneID130994241
locus_tag-
NCBI NameLOC130994241
原始查询SmilChr07G003614

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os11g0656500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os11g0656500; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT4G23160 (CRK8)
cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]
identity=30.4; qcov=0.848; evalue=7.85e-35; confidence=low
RiceOs11g0656500
-
identity=33.5; qcov=1.22; evalue=5.48e-54; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994241

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057775263.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775263.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775263.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775263.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775263.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:42443681 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B114,B17,B73,C30
Chr7:42443689 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B53,C3
Chr7:42443696 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr7:42443711 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C57
Chr7:42443725 A ACT 2bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 1 B122
Chr7:42443725 A ACT 2bp_insertion CDS_variant 1 B122
Chr7:42443736 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D9
Chr7:42443736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr7:42443739 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 25 A13,A14,A18,A8,B118,B121,B122,B25,B3,B32,B61,B65,B81,B88,C11,C12,C23,C42,C50,C51,C64,C66,C69,C83,D2
Chr7:42443746 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr7:42443755 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 8 A7,B127,C16,C33,C34,C37,C59,D1
Chr7:42443757 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 8 A7,B127,C16,C33,C34,C37,C59,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919280.1
ATGGACGTAAAGTGTGCATTTTTCAATGGAGTGCTCACCGATGAAGTTTATGTGGAGCAACCTCCAGGATTGGAAGCTGGTGGACCAGATAAGATATATGTTGGTGATATCATCTTCGGATCAAAATCTGGACGAATGTGCAAGAAGTTTGCTGATATTATGACAAAGAAATTCCATATGTCAATGATGGGAGAAATGAATTTCTTTATGGGATCACAAGTAAAGCAAACCAAGGAATGCATACTGATCAATCAGTCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994241
ATGGACGTAAAGTGTGCATTTTTCAATGGAGTGCTCACCGATGAAGTTTATGTGGAGCAACCTCCAGGATTGGAAGCTGGTGGACCAGATAAGATATATGTTGGTGATATCATCTTCGGATCAAAATCTGGACGAATGTGCAAGAAGTTTGCTGATATTATGACAAAGAAATTCCATATGTCAATGATGGGAGAAATGAATTTCTTTATGGGATCACAAGTAAAGCAAACCAAGGAATGCATACTGATCAATCAGTCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775263.1
MDVKCAFFNGVLTDEVYVEQPPGLEAGGPDKIYVGDIIFGSKSGRMCKKFADIMTKKFHMSMMGEMNFFMGSQVKQTKECILINQSKKLDTEKVGKLVSSTKYGEIIGSLLYLTASRPDIAFAVGVCARYQSDPKEAHTDAAKCILRYIKRTPNLGLWYPADDDFKLTGYTDSDFAGCGIDRKSTFETCQFLGSKLILWFSKKQTSVATSTTEAEYIAAGSCYSQILRLVQQLKDYGIEESKVPIFCDTSSAIAISQNPV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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