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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003634

染色体: Chr07 坐标: 42995562-42995900 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003634
名称SmilChr07G003634
描述uncharacterized SmilChr07G003634
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向42995562 - 42995900 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994248
GeneID130994248
locus_tag-
NCBI NameLOC130994248
原始查询SmilChr07G003634

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF31073 (DUF8803)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994248

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775269.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057775269.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775269.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775269.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775269.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:42995565 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr7:42995569 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B130,B53,C47
Chr7:42995573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr7:42995600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr7:42995611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr7:42995618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C3
Chr7:42995629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B99,C24,C33
Chr7:42995651 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B106,B139
Chr7:42995651 CA C 1bp_deletion CDS_variant 2 B106,B139
Chr7:42995676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr7:42995709 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A1,A25,A3,A5,B23,B25,C22,C29,C41,C43,C55,C71,C74,D6
Chr7:42995722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775269.1
112 aa
N
1
56
112
DUF8803
C
PF31073 DUF8803 36-96 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775269.1 Pfam PF31073 DUF8803 Domain 36 96 5.5e-09 36.5 Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919286.1
ATGCTGACGGAGTTGGATGAGTGGAGGAATGAAGCTTACAAGAGTTCTCGTATCTACAAGGAAAGGGCGAAGAAGTTCCATGATTTGAACATCCGCACAAAGGAATTCAAGCCGGGACATGAGGTACTCTTGTATGATTCTAAGCTCCGACTATTTCCTGGCAAGCTGCAGTCTAGATGGAGAGGTCCTTACGTGGTTCACAAGAGCAATTGGAATGGGACCTATGAGTTGCTTGCGTCGAATGGGTCTACTTTCACTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994248
ATGCTGACGGAGTTGGATGAGTGGAGGAATGAAGCTTACAAGAGTTCTCGTATCTACAAGGAAAGGGCGAAGAAGTTCCATGATTTGAACATCCGCACAAAGGAATTCAAGCCGGGACATGAGGTACTCTTGTATGATTCTAAGCTCCGACTATTTCCTGGCAAGCTGCAGTCTAGATGGAGAGGTCCTTACGTGGTTCACAAGAGCAATTGGAATGGGACCTATGAGTTGCTTGCGTCGAATGGGTCTACTTTCACTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775269.1
MLTELDEWRNEAYKSSRIYKERAKKFHDLNIRTKEFKPGHEVLLYDSKLRLFPGKLQSRWRGPYVVHKSNWNGTYELLASNGSTFTVNGHRLKPYFKAKLDRDVEVVNFVDP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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