当前解析结果
SmilChr07G003634| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003634 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003634 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003634 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 42995562 - 42995900 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994248 |
|---|---|
| GeneID | 130994248 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994248 |
| 原始查询 | SmilChr07G003634 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994248 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057775269.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057775269.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775269.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775269.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057775269.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:42995565 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B48 |
Chr7:42995569 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A8,B130,B53,C47 |
Chr7:42995573 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B48 |
Chr7:42995600 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr7:42995611 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B54 |
Chr7:42995618 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,C3 |
Chr7:42995629 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B47,B99,C24,C33 |
Chr7:42995651 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B106,B139 |
Chr7:42995651 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B106,B139 |
Chr7:42995676 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr7:42995709 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 14 | A1,A25,A3,A5,B23,B25,C22,C29,C41,C43,C55,C71,C74,D6 |
Chr7:42995722 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775269.1PF31073
DUF8803 36-96 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775269.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 36 | 96 | 5.5e-09 | 36.5 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。