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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003644

染色体: Chr07 坐标: 43185987-43189720 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003644
名称SmilChr07G003644
描述uncharacterized SmilChr07G003644
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向43185987 - 43189720 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993101
GeneID130993101
locus_tag-
NCBI NameLOC130993101
原始查询SmilChr07G003644

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述envelope glycoprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840118]; symbol=AT1G32260; hit=AT1G32260; species=arabidopsis; confidence=high
产物envelope glycoprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840118]; symbol=AT1G32260; hit=AT1G32260; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G32260 (AT1G32260)
envelope glycoprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840118]
identity=47.3; qcov=1.06; evalue=1.31e-57; confidence=high
RiceOs02g0127900
-
identity=38; qcov=0.794; evalue=1.21e-22; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993101

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057773811.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773811.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773811.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773811.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773811.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:43186332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr7:43186561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B21,B33,C26
Chr7:43186630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr7:43186656 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:43186684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B45,C60,C9
Chr7:43186729 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917828.1
GGGGTATGATCTTCCTTATTAACTTACCCGCAACAGTCGCAGTGGCGAAGCCAAACGCAAAATAGATTCCTTTGTACCGAAATTTCTCGCAGCATCTTCAAATTACTTGCGCTAAACGAAACACTTATTTGTATTTGTATTTTTATTCTTTTTAGAGTCCGAAACGAAATATTTTTCAATGATTAATATTCCTCGCCTATTGTTATCAATCGACAGAGAGAAGGAGAAGCCTTCAAATTTCTTGCGCAAAACGAAACATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130993101
ATGGTGCTATGGGAAATCACTTTGGCAACGGCTTACTTTTTGGGTCTTAAACGAACCTACAGGCTTGCTATGAAAATCCAACGGAAGCTCATCAGCCCTAAGCACCCTAGGGTCCAACAATTTGTTCATAGGCGAACTCGGAATGTGTTTGATTTAGCACTTACTGCTCATCGCAAGATACAAGAGAGGGATATTGATGTTGGTCGGAACCTTGGCAACCGGATTCTCAGGTGGCTTGATAGAATGAAGCCTGCAGCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773811.1
MVLWEITLATAYFLGLKRTYRLAMKIQRKLISPKHPRVQQFVHRRTRNVFDLALTAHRKIQERDIDVGRNLGNRILRWLDRMKPAAQIKGQSPPTPKTNSNMPKQLSNQGGLPKSTDKKSDRDLFTACRSILPRTRTIATMMEPTRPIGHNVHYRQYVTGDSEFFTVNHARFGPREVLRNDIRHWCMYH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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