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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003675

染色体: Chr07 坐标: 44115778-44117626 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003675
名称SmilChr07G003675
描述BTB/POZ domain-containing protein At3g50780-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向44115778 - 44117626 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994257
GeneID130994257
locus_tag-
NCBI NameLOC130994257
原始查询SmilChr07G003675

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述BTB/POZ domain-containing protein At3g50780-like
产物BTB/POZ domain-containing protein At3g50780-like
ArabidopsisAT3G50780 (AT3G50780)
BTB/POZ domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824242]
identity=63.7; qcov=0.619; evalue=9.02e-34; confidence=medium
RiceOs03g0769400 (OSJNBb0106M04.9)
-
identity=61.5; qcov=0.619; evalue=3.71e-30; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994257

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057775280.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057775280.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057775280.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775280.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775280.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:44116427 ACG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B63
Chr7:44116427 ACG A 2bp_deletion CDS_variant 1 B63
Chr7:44117200 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B62,C69
Chr7:44117253 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B126,B138,C24,C37,C40
Chr7:44117272 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B115,C23
Chr7:44117302 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B18,B80,B86
Chr7:44117311 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,B85
Chr7:44117312 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 119 A11,A13,A16,A18,A23,A24,A25,A3,A5,B10,B101,B102,B103,B104,B105,B107,B109,B112,B114,B118,B123,B124,B126,B127,B129,B130,B131,B133,B134,B138,B139,B14,B18,B22,B27,B28,B30,B31,B32,B34,B36,B38,B39,B40,B41,B44,B45,B46,B48,B5,B55,B56,B57,B59,B6,B66,B68,B69,B70,B76,B77,B80,B82,B84,B85,B88,B89,B9,B90,B98,C10,C11,C13,C14,C16,C18,C2,C22,C24,C25,C27,C28,C29,C31,C32,C33,C34,C35,C37,C40,C41,C42,C43,C46,C47,C48,C49,C50,C51,C55,C57,C62,C67,C68,C69,C7,C71,C73,C74,C79,C8,C80,C83,C84,C86,C9,D10,D4,D6
Chr7:44117326 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 5 B3,B58,B76,B8,C19
Chr7:44117326 G GA 1bp_insertion CDS_variant 5 B3,B58,B76,B8,C19
Chr7:44117355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:44117473 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 38 A13,A16,A21,A23,B1,B103,B111,B115,B126,B136,B31,B32,B36,B43,B47,B55,B62,B63,B72,B81,B86,B93,B94,B95,C11,C26,C29,C47,C52,C72,C74,C76,C78,C82,C86,D1,D11,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919297.1
CATCTCACTATCTCTCTCTCAGAATTTCATCCCTCTCTCTCAGCCCTAGGTCCCGCCGCCACAACCACTTTGCGCCATCGCCGGAGCCCGGCAGATCCATCGCGGCCAACCGCCATCTTCTCCCTCCTCTCCCTTTTCTTTCTATCACTTTCTCTCTTCTCACACCCAATGCACACACCCAGATCCGCACTCAAATTAGCGGCGTGGGTGCCGCCGCTCGTCCTTCCCGGCAAAGCAACGACGATAAGCCGCTGACACGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994257
ATGGTTAATCAAGAAACGCTTTGTGTTTCACGTGTTTTACGTATTCTCAAGGTCAGCGAACAGATTGGTTACACGACTTGCATCCAATATTGTTTAGAGTACTTGGAAGCCGTCCCTTGGGTGGGACAAGAGGAGGAAGAGAAAGTGGTTTCTTTAGTCTGCCACCTTGAAGGTGAGGGCATTGGGGTGAAGCCAGTACTGAAACGAGTGTCTCCCGAAATCCCAACACCACCTAACGACACCCTTTCTCACATATTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775280.1
MVNQETLCVSRVLRILKVSEQIGYTTCIQYCLEYLEAVPWVGQEEEEKVVSLVCHLEGEGIGVKPVLKRVSPEIPTPPNDTLSHILELVLKSREEKDRKPPRFRCRHRRTRPKLPEYKSQPKSKSIKIQMLDEICDVGCNIGLIMFE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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