当前解析结果
SmilChr07G003689| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003689 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003689 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003689 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 44420679 - 44421887 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994264 |
|---|---|
| GeneID | 130994264 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994264 |
| 原始查询 | SmilChr07G003689 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13650 (Asp_protease_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994264 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057775290.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057775290.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057775290.1 |
| 4 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.20000 | XP_057775290.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775290.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:44420686 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B106,B107,C13,D11 |
Chr7:44420694 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B113,B17,B95,C48,C77 |
Chr7:44420720 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B16,B57,B59 |
Chr7:44420727 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B16,B57,B59 |
Chr7:44420732 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C4 |
Chr7:44420747 |
TGC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | C64,C66 |
Chr7:44420747 |
TGC |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | C64,C66 |
Chr7:44420748 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B12,B137,C20,C31,C51 |
Chr7:44420751 |
A |
AAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | C64,C66 |
Chr7:44420751 |
A |
AAT |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | C64,C66 |
Chr7:44420786 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A14,B8,C10,D10,D11 |
Chr7:44420788 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775290.1PF13650
Asp_protease_2 73-163 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775290.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 73 | 163 | 2.5e-06 | 28.8 | Aspartyl protease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。