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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003699

染色体: Chr07 坐标: 44611547-44612635 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003699
名称SmilChr07G003699
描述uncharacterized SmilChr07G003699
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向44611547 - 44612635 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996273
GeneID130996273
locus_tag-
NCBI NameLOC130996273
原始查询SmilChr07G003699

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述DUF740 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840163]; symbol=AT1G32690; hit=AT1G32690; species=arabidopsis; confidence=low
产物DUF740 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840163]; symbol=AT1G32690; hit=AT1G32690; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G32690 (AT1G32690)
DUF740 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840163]
identity=31.6; qcov=0.873; evalue=1.31e-25; confidence=low
RiceOs02g0693000
-
identity=53.9; qcov=0.243; evalue=2.29e-13; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996273

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057777767.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057777767.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057777767.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777767.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777767.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:44611714 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr7:44611760 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B140,B55
Chr7:44611857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr7:44611869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr7:44611912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr7:44611939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C35,C40
Chr7:44612085 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr7:44612164 GA * 1bp_deletion CDS_variant 2 B138,D11
Chr7:44612167 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 1 C44
Chr7:44612167 GAA G 2bp_deletion CDS_variant 1 C44
Chr7:44612197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr7:44612298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921784.1
CACCCAAACGGGAGAATTTGTCAAATTGTTTGCACTTTTTATTGTTGTACATACAAATACAATATACACAAACACTAAGCTCTAAGACCCTCTTAAACGCGTTCCTTCAGTATGCCAGAATTTACTAATTCCAGATGCCCAATTTGTCAAACAGCCCCCCGGTATCCTTTTCCTACACACATCCTATATACACTATATATACATACAAACACGCGCACACACACACCCTCTTCTCACCTCACAAAACCATTCCTTCCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996273
ATGCCCAATTTGTCAAACAGCCCCCCGGTATCCTTTTCCTACACACATCCTATATACACTATATATACATACAAACACGCGCACACACACACCCTCTTCTCACCTCACAAAACCATTCCTTCCATCACTCAACAACACAACCGCAATCTCAGCGTGTCAATGGTGGTGTACGTGGAGGAAGAGGAGGTCTGGAAATGCTCCAAGCACCCCTCGAAGCGGCGGCGCAGCGGCATCTGCCCCGCCTGCCTCCGCGAGCGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777767.1
MPNLSNSPPVSFSYTHPIYTIYTYKHAHTHTLFSPHKTIPSITQQHNRNLSVSMVVYVEEEEVWKCSKHPSKRRRSGICPACLRERLGTLCPDCHNARPCPCCATSAESSSSSSSSSFGRVSNLIDGEPSFRRSRSVAVPFLRPRNAADSGRARTPSFLSLLKRSKTKRTTEPPPKEKAEQSVADGVGEDNFESNNRIEDFVRMVSRSRSVSAGTTSAMASGLFRRRDDASAPPARAKFWHFPSPMKAFRKSKTPKVVLH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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