当前解析结果
SmilChr07G003701| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003701 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003701 |
| 描述 | leucine-rich repeat extensin-like protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 44638927 - 44639862 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994267 |
|---|---|
| GeneID | 130994267 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994267 |
| 原始查询 | SmilChr07G003701 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | leucine-rich repeat extensin-like protein 1 |
| 产物 | leucine-rich repeat extensin-like protein 1 |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994267 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057775293.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057775293.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.60000 | XP_057775293.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775293.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775293.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:44638947 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 17 | A20,A5,B123,B14,B17,B3,B36,B5,B62,B67,C29,C30,C40,C57,C71,C79,D4 |
Chr7:44638951 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A20,A5,B123,B14,B17,B3,B36,B5,B62,B67,C29,C30,C40,C57,C71,C79,D4 |
Chr7:44638953 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,B23,B83,C31,C59 |
Chr7:44638974 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B108,B123,B83,C59 |
Chr7:44638996 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,C59 |
Chr7:44638998 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,B4,B41,C28 |
Chr7:44639000 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B49,B82 |
Chr7:44639016 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B8,D9 |
Chr7:44639019 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B23,B37,B7,C5 |
Chr7:44639020 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B117,B16,B86,C12,C31,C8 |
Chr7:44639022 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr7:44639027 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C32,C68 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。