Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003738`

染色体: Chr07 坐标: 45538704-45544969 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003738`
名称	SmilChr07G003738
描述	protein TPLATE-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	45538704 - 45544969 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992762`
GeneID	`130992762`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992762`
原始查询	`SmilChr07G003738`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein TPLATE-like
产物	protein TPLATE-like
Arabidopsis	`AT3G01780` (TPLATE) ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821081] identity=74.9; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0793100` - identity=66.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0006897 (endocytosis)
KEGG	-
Pfam	PF28631 (TPLATE_C); PF28665 (TPLATE_Ig)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992762

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057773486.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057773486.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773486.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773486.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057773486.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:45539124`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr7:45539167`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,B27,B50,B57
`Chr7:45539199`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr7:45539225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,C11,C5,C67,C69
`Chr7:45539476`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr7:45539504`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B140,B33,D10
`Chr7:45539546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr7:45539594`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47
`Chr7:45539782`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr7:45539853`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr7:45540042`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B136,B64,C17
`Chr7:45540104`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C27,C37,C63,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773486.1

1136 aa

568

1136

TPLATE_Ig

TPLATE_C

PF28665 TPLATE_Ig 765-906 aa PF28631 TPLATE_C 913-1070 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773486.1`	Pfam	`PF28665`	TPLATE_Ig	Domain	765	906	9.5e-71	236.9	TPLATE immunoglobulin-like domain
`XP_057773486.1`	Pfam	`PF28631`	TPLATE_C	Domain	913	1070	1.5e-77	259.6	TPLATE C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917503.1
GCTGAATTTATCATGCAAGCTCCTCCCACTCCAAAATACTCGCTCTCTAACTCTAGAGTAAACAACGGATCTTCCATGATGGAAACCAAACCATTTTTCCATCCACATTCCATCATTATCGCCGTTCCAAAACAGCCACTCTGCCATCTTTTCTTTGCCGGATCAATCATGGAAGCGGCGCTCGATTCGCTATTTTCACAAGTCCGTGATGAAACAATTTGGACGTATAATCATCAGTCGTTGCCACAATTAGTTGTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992762
ATGGACATCCTGTTTTCTCAGATTCAAGCCGACCTCCACTCCAACGACTCACTCCGGCAGTCCAGCGCGTTGCTCCAAGCGCTTCAACAATCCGCGGCGGGGCGGGACATCTCCGTCATCGCAAAATTCGCCGTGGAAGAGATCGTCGCCTCCCCGGCCTCCGCCATCTCCAAAAAACTCGCGTTCGACCTCATCCGCAACACTCGCCTTACCGCCGATTTGTGGGAAACCGTATGCACCGGCATCCGCAACGATATCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773486.1
MDILFSQIQADLHSNDSLRQSSALLQALQQSAAGRDISVIAKFAVEEIVASPASAISKKLAFDLIRNTRLTADLWETVCTGIRNDIDFPDPDVTAAAISILAAIPSYRLSKLIHDCNKQISACFNSASDNLRFSITETLGCVLARDDLVTLCENNMKLLDRVSNWWNRIAQNMLDKSDNVSKVAFESIGKLFQEFETKRMSRLAGDKLVDTENSVAIRSKWVASMVDFVWKRRSTLMRRSLLLPIESFRATIYPLVYAVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器