Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003742

染色体: Chr07 坐标: 45620073-45620591 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003742
名称SmilChr07G003742
描述uncharacterized SmilChr07G003742
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向45620073 - 45620591 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994280
GeneID130994280
locus_tag-
NCBI NameLOC130994280
原始查询SmilChr07G003742

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=35.1; qcov=0.86; evalue=3.26e-21; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994280

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057775309.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057775309.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057775309.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057775309.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775309.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:45620079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,C16,C23
Chr7:45620080 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 5 A5,C1,C17,C43,C65
Chr7:45620080 GT G 1bp_deletion CDS_variant 5 A5,C1,C17,C43,C65
Chr7:45620082 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A2,B28,C15,C45,C78
Chr7:45620082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B28,C15,C45,C78
Chr7:45620100 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B102,B118,C2
Chr7:45620106 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B104,B105,C58
Chr7:45620106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B105,C58
Chr7:45620117 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr7:45620130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr7:45620141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C84
Chr7:45620166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,B7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919326.1
ATGACTGGTCAAGCTGTGACAGACCAGCCAACCCAGACAATCAGCTTTCAAACTACGGAATCAGACAAGCTTCTTAACCCTCATCATGATGCTCTAGTTATTTCTATTTATATTGCCAATTGTTTAACGAAACGAGTGTTGATCGATAACGGCAGCTCTGCCAATATCATGTTTATTAATGCTTTCAGGGAGATGGGTTTGAACGAGTCAAACATAACTAGGAAGACCGCTGTCCTCATAGGCTTCAGCGGTGAGAGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994280
ATGACTGGTCAAGCTGTGACAGACCAGCCAACCCAGACAATCAGCTTTCAAACTACGGAATCAGACAAGCTTCTTAACCCTCATCATGATGCTCTAGTTATTTCTATTTATATTGCCAATTGTTTAACGAAACGAGTGTTGATCGATAACGGCAGCTCTGCCAATATCATGTTTATTAATGCTTTCAGGGAGATGGGTTTGAACGAGTCAAACATAACTAGGAAGACCGCTGTCCTCATAGGCTTCAGCGGTGAGAGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775309.1
MTGQAVTDQPTQTISFQTTESDKLLNPHHDALVISIYIANCLTKRVLIDNGSSANIMFINAFREMGLNESNITRKTAVLIGFSGESKTTVGEIDLPVYAEGVNLSIRFLVIDAPSAFNVILGRPWIHDMEAVPSTFHQVVKFPTKWGVKEIRGEQMDSRAYYQTTMKTKHAQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器