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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003756

染色体: Chr07 坐标: 45751976-45758388 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003756
名称SmilChr07G003756
描述pyruvate kinase isozyme G, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向45751976 - 45758388 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992772
GeneID130992772
locus_tag-
NCBI NameLOC130992772
原始查询SmilChr07G003756

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pyruvate kinase isozyme G, chloroplastic
产物pyruvate kinase isozyme G%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G32440 (PKp3)
plastidial pyruvate kinase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840138]
identity=82.9; qcov=0.937; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0571200
-
identity=80.8; qcov=0.968; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000287 (magnesium ion binding); GO:0004743 (pyruvate kinase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006096 (glycolytic process); GO:0009570 (chloroplast stroma); GO:0030955 (potassium ion binding)
KEGGsmil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00620 (Pyruvate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00224 (PK); PF02887 (PK_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992772

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057773498.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057773505.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057773498.1
4 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057773505.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057773505.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:45752428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr7:45753141 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C35,C40
Chr7:45753876 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B114,B17,B73,C30
Chr7:45753911 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 6 B105,B129,B33,B84,B97,C13
Chr7:45756097 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr7:45756435 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr7:45757018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C35,C40
Chr7:45757877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr7:45758135 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B46
Chr7:45758135 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773498.1
564 aa
N
1
282
564
PK
PK_C
C
PF00224 PK 93-413 aa PF02887 PK_C 449-542 aa
XP_057773499.1
557 aa
N
1
278
557
PK
PK_C
C
PF00224 PK 86-406 aa PF02887 PK_C 442-535 aa
XP_057773500.1
554 aa
N
1
277
554
PK
PK_C
C
PF00224 PK 83-403 aa PF02887 PK_C 439-532 aa
XP_057773501.1
540 aa
N
1
270
540
PK
PK_C
C
PF00224 PK 93-413 aa PF02887 PK_C 449-527 aa
XP_057773502.1
536 aa
N
1
268
536
PK
PK
PK_C
C
PF00224 PK 93-186 aa PF00224 PK 189-385 aa PF02887 PK_C 421-514 aa
XP_057773503.1
533 aa
N
1
266
533
PK
PK_C
C
PF00224 PK 86-406 aa PF02887 PK_C 442-520 aa
XP_057773504.1
530 aa
N
1
265
530
PK
PK_C
C
PF00224 PK 83-403 aa PF02887 PK_C 439-517 aa
XP_057773505.1
486 aa
N
1
243
486
PK
PK_C
C
PF00224 PK 16-335 aa PF02887 PK_C 371-464 aa
XP_057773506.1
462 aa
N
1
231
462
PK
PK_C
C
PF00224 PK 16-335 aa PF02887 PK_C 371-449 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773498.1 Pfam PF00224 PK Domain 93 413 3.5e-111 372.2 Pyruvate kinase, barrel domain
XP_057773498.1 Pfam PF02887 PK_C Domain 449 542 2.9e-17 63.5 Pyruvate kinase, alpha/beta domain
XP_057773499.1 Pfam PF00224 PK Domain 86 406 3.4e-111 372.2 Pyruvate kinase, barrel domain
XP_057773499.1 Pfam PF02887 PK_C Domain 442 535 2.9e-17 63.5 Pyruvate kinase, alpha/beta domain
XP_057773500.1 Pfam PF00224 PK Domain 83 403 3.3e-111 372.2 Pyruvate kinase, barrel domain
XP_057773500.1 Pfam PF02887 PK_C Domain 439 532 2.8e-17 63.6 Pyruvate kinase, alpha/beta domain
XP_057773501.1 Pfam PF00224 PK Domain 93 413 3.1e-111 372.3 Pyruvate kinase, barrel domain
XP_057773501.1 Pfam PF02887 PK_C Domain 449 527 3.9e-14 53.4 Pyruvate kinase, alpha/beta domain
XP_057773502.1 Pfam PF00224 PK Domain 93 186 2.2e-98 330.1 Pyruvate kinase, barrel domain
XP_057773502.1 Pfam PF00224 PK Domain 189 385 2.2e-98 330.1 Pyruvate kinase, barrel domain
XP_057773502.1 Pfam PF02887 PK_C Domain 421 514 2.8e-17 63.6 Pyruvate kinase, alpha/beta domain
XP_057773503.1 Pfam PF00224 PK Domain 86 406 3e-111 372.4 Pyruvate kinase, barrel domain
XP_057773503.1 Pfam PF02887 PK_C Domain 442 520 3.8e-14 53.5 Pyruvate kinase, alpha/beta domain
XP_057773504.1 Pfam PF00224 PK Domain 83 403 2.9e-111 372.4 Pyruvate kinase, barrel domain
XP_057773504.1 Pfam PF02887 PK_C Domain 439 517 3.7e-14 53.5 Pyruvate kinase, alpha/beta domain
XP_057773505.1 Pfam PF00224 PK Domain 16 335 4.8e-111 371.7 Pyruvate kinase, barrel domain
XP_057773505.1 Pfam PF02887 PK_C Domain 371 464 2.2e-17 63.9 Pyruvate kinase, alpha/beta domain
XP_057773506.1 Pfam PF00224 PK Domain 16 335 4.1e-111 371.9 Pyruvate kinase, barrel domain
XP_057773506.1 Pfam PF02887 PK_C Domain 371 449 2.9e-14 53.9 Pyruvate kinase, alpha/beta domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917516.1
GATTATATTTGTGTGTTATATATTTTAAACAAGAGAAAAAGAAATAGAGAGAGATGATGTATGATGTATGTGGGTAGTTTGTAGATAGTCCCAACCCAAATGTAGACCGAAGTGGTGTCGAGTCGACGCACTATTTTCTTCCTCTCTCTCTCTCTCATTGCTGCCGCCGTTATTTATTGCTCTTATACTGTTTTAAAGCTTACTCATAACCGTTTTCAATTTTCCGATGGCGGCAACGGCCAGCGTGGTGCCTCCTTCTG...
XM_057917517.1
GATTATATTTGTGTGTTATATATTTTAAACAAGAGAAAAAGAAATAGAGAGAGATGATGTATGATGTATGTGGGTAGTTTGTAGATAGTCCCAACCCAAATGTAGACCGAAGTGGTGTCGAGTCGACGCACTATTTTCTTCCTCTCTCTCTCTCTCATTGCTGCCGCCGTTATTTATTGCTCTTATACTGTTTTAAAGCTTACTCATAACCGTTTTCAATTTTCCGATGGCGGCAACGGCCAGCGTGGTGCCTCCTTCTG...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC130992772
ATGGCGGCAACGGCCAGCGTGGTGCCTCCTTCTGCTTTCATGCCCTCAACCACCGATTGCTTGCCCTCTGCCGGCAACAAGATCGCCGAGTTTTTCTTCCACCGCCAATTCTCTACACCACTCCGCATTCTTCGCTCTTCCACCCCTACCCGCTGCAGTTATCGCAACAACGCTACGGATTCTGATGCCATCGCTACTGCCTTCCCACCCAACGGTTCTGCACTCTCCTCTATTGATAGCTATCTACAGCTGACTCAGGT...
LOC130992772
ATGGCGGCAACGGCCAGCGTGGTGCCTCCTTCTGCTTTCATGCCCTCAACCACCGATTGCTTGCCCTCTGCCGGCAACAAGATCGCCGAGTTTTTCTTCCACCGCCAATTCTCTACACCACTCCGCATTCTTCGCTCTTCCACCCCTACCCGCTGCAGTTATCGCAACAACGCTACGGATTCTGATGCCATCGCTACTGCCTTCCCACCCAACGGTTCTGCACTCTCCTCTATTGATAGCTATCTACAGCTGACTCAGGT...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057773498.1
MAATASVVPPSAFMPSTTDCLPSAGNKIAEFFFHRQFSTPLRILRSSTPTRCSYRNNATDSDAIATAFPPNGSALSSIDSYLQLTQVTLNSQRKTKIVCTIGPSTSSRDMIWKMAEAGMNVARLNMSHGDHASHQKTIDLVKEYNAQFEEKVVAIMLDTKGPEVRSGDVPKPILLKEGQEFNFTIKRGVSTADTVSVNYDDFINDVAVGDIILVDGGMMSFAVKSKTEDSVKCEVVDGGELKSRRHLNVRGKSATLPSIT...
XP_057773499.1
MAATASVVPPSAFMPSTTDCLPSAGNKIAEFFFHRQFSTPLRILRSSTPTRCSYRNNATDSDAIATAFPPNGSALSLTQVTLNSQRKTKIVCTIGPSTSSRDMIWKMAEAGMNVARLNMSHGDHASHQKTIDLVKEYNAQFEEKVVAIMLDTKGPEVRSGDVPKPILLKEGQEFNFTIKRGVSTADTVSVNYDDFINDVAVGDIILVDGGMMSFAVKSKTEDSVKCEVVDGGELKSRRHLNVRGKSATLPSITDKDWEDI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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