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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003757

染色体: Chr07 坐标: 45759131-45763763 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003757
名称SmilChr07G003757
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 7.3
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向45759131 - 45763763 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992771
GeneID130992771
locus_tag-
NCBI NameLOC130992771
原始查询SmilChr07G003757

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 7.3
产物protein NRT1/ PTR FAMILY 7.3
ArabidopsisAT1G32450 (NRT1.5)
nitrate transporter 1.5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840139]
identity=71; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0716800 (OsNRT1.5B)
-
identity=63.5; qcov=0.953; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00854 (PTR2); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992771

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057773496.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057773496.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057773496.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773496.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773496.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:45759462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B119,C31
Chr7:45759504 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:45759537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C37,C60,C83,D4
Chr7:45759614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B90,B92,C21
Chr7:45759631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B121
Chr7:45759644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr7:45759761 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr7:45759768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:45759804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,C60
Chr7:45759836 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,C59,C85
Chr7:45759927 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr7:45760238 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773496.1
592 aa
N
1
296
592
MFS_1
PTR2
C
PF07690 MFS_1 45-516 aa PF00854 PTR2 106-535 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773496.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 45 516 9.2e-10 38.7 Major Facilitator Superfamily
XP_057773496.1 Pfam PF00854 PTR2 Family 106 535 4.4e-93 313.0 POT family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917513.1
CCATTCCTCTATATATACCCCTCCTTATTTCTTGCTTCCATATATTCCCGACTCCTCCTCCCAACATTCATATATACATACAACTATTCACATCAAATTCACTCACCACAATTCCTCTCATCTTCTTCTTCAAATGGGATCCTTACAATTATCCAAGGATCAAAAGTTGAAGGAAGAAGAGTACACCGGTGATGGAAGTGTAGGTTTTGATGGAGAAGCAGCTTCCAGAAACCGAACTGGAAAATGGGCTGCTGGGAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992771
ATGGGATCCTTACAATTATCCAAGGATCAAAAGTTGAAGGAAGAAGAGTACACCGGTGATGGAAGTGTAGGTTTTGATGGAGAAGCAGCTTCCAGAAACCGAACTGGAAAATGGGCTGCTGGGAGCATCATATTATTGAATCAAGGTCTAGCAACGCTAGCATTTTTCGGCGTGGGCGTGAATCTGGTGCTGTTTCTAACGAGAGTGCTGCAGCAAGACAACGCGGAAGCCGCCAACAGCGTGAGCAAATGGACTGGGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773496.1
MGSLQLSKDQKLKEEEYTGDGSVGFDGEAASRNRTGKWAAGSIILLNQGLATLAFFGVGVNLVLFLTRVLQQDNAEAANSVSKWTGTVYIFSLVGAFLSDSYWGRYKTCAIFQTIFVIGLVLLSLSTQLFLLKPGGCGDETKKCSTHSSWELGLFYISIYMIALGNGGYQPNIATFGADQFDVEDPKEGYSKVAFFSYFYLALNLGSLFSNTILGYFEDEGLWALGFWASTTSATLALLLFLGGTKRYRHFKPSGNPLSR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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