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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003766

染色体: Chr07 坐标: 46057738-46060606 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003766
名称SmilChr07G003766
描述haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein Sgpp
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向46057738 - 46060606 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992779
GeneID130992779
locus_tag-
NCBI NameLOC130992779
原始查询SmilChr07G003766

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein Sgpp
产物haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein Sgpp
ArabidopsisAT2G38740 (AT2G38740)
Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818456]
identity=70.2; qcov=0.971; evalue=2.23e-123; confidence=high
RiceOs09g0407700
-
identity=59.3; qcov=0.992; evalue=7.52e-103; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00702 (Hydrolase); PF13419 (HAD_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992779

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057773517.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057773517.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773517.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773517.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773517.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:46059491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C61
Chr7:46059687 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,B86
Chr7:46060315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:46060330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773517.1
245 aa
N
1
122
245
Hydrolase
HAD_2
C
PF00702 Hydrolase 19-197 aa PF13419 HAD_2 21-202 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773517.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 19 197 7.6e-27 95.7 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057773517.1 Pfam PF13419 HAD_2 Family 21 202 8.7e-32 111.3 Haloacid dehalogenase-like hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917534.1
GAAGAAATTTAGATGGCTACTTTGACACGTGAAAGTGCATCCAATAAAGGATATTCGCTCAGCACTCAACACACACATATATATAGTAAAGCCAGAATCCAAAATAGAAAGGCATTTTGGCATCGGAAAATCGAAAAATCACACGACTCCAACAAACTACAAACCTTCACTGCCATTGCAAGATGACGATCACTTCTGCTGATGGAACTTGTTCTCTGCTGCAACTTGCTCCACTTGAGGCGGTACTATTTGACGTTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992779
ATGACGATCACTTCTGCTGATGGAACTTGTTCTCTGCTGCAACTTGCTCCACTTGAGGCGGTACTATTTGACGTTGATGGCACATTGTGCGACACAGACCCCCTTCATTATTACGCCTTTCGTGAGATGCTTCAAGAGATTGGCTTCAATGGTGGTGTTCCAATTACCGAGGAATATTTTGTAGTAAATATTGCTGGGAAACACAATGAAGATATTGCCTCTATCCTTTTCCCAAACGATCATGAGAGGGGTGTGAAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773517.1
MTITSADGTCSLLQLAPLEAVLFDVDGTLCDTDPLHYYAFREMLQEIGFNGGVPITEEYFVVNIAGKHNEDIASILFPNDHERGVKFLEDKEAMFRRIVKEKIEPVKGLYKLKKWIEDHGLKRAAVTNAPKENAELMISLLGLSDFFEAVILGSDCEHAKPFPDPYLKALELLKVSKEHTCIFEDSVSGIKAGVAAGVKTFGLTTRNPAELLMEAKPSLLIKDYEDSKLWSVLDELDNKAKAKTG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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