Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003791`

染色体: Chr07 坐标: 46628487-46633250 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003791`
名称	SmilChr07G003791
描述	uncharacterized SmilChr07G003791
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	46628487 - 46633250 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992797`
GeneID	`130992797`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992797`
原始查询	`SmilChr07G003791`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0542900; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os04g0542900; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G17100` (AT4G17100) poly(U)-specific endoribonuclease-B protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3770328] identity=70.9; qcov=0.737; evalue=7.5e-159; confidence=high
Rice	`Os04g0542900` - identity=57.5; qcov=1.13; evalue=1.82e-174; confidence=high
GO	GO:0004521 (RNA endonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF09412 (XendoU)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992797

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.60000	`XP_057773526.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057773526.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057773526.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057773526.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773526.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:46628792`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr7:46628850`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	94	A1,A11,A13,A2,A20,A3,A9,B1,B100,B102,B104,B105,B107,B108,B11,B112,B114,B117,B119,B12,B122,B123,B125,B126,B130,B131,B139,B14,B140,B18,B20,B22,B23,B27,B3,B30,B35,B36,B38,B39,B4,B40,B41,B46,B48,B51,B52,B56,B57,B61,B62,B63,B66,B67,B69,B73,B75,B78,B79,B80,B82,B88,B9,B91,B95,C14,C19,C20,C24,C37,C38,C4,C41,C42,C43,C46,C48,C49,C51,C54,C55,C57,C61,C64,C66,C7,C75,C76,C77,C78,C9,D10,D5,D7
`Chr7:46629567`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	168	A1,A10,A11,A15,A16,A18,A2,A20,A23,A24,A25,A4,A6,A7,A9,B1,B103,B108,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B128,B13,B130,B132,B133,B134,B136,B138,B139,B140,B16,B19,B2,B20,B22,B23,B24,B25,B27,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B37,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B48,B49,B5,B50,B51,B54,B55,B57,B58,B59,B61,B62,B63,B64,B65,B68,B69,B7,B71,B73,B75,B76,B78,B79,B81,B86,B87,B89,B9,B92,B94,B98,C1,C10,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C27,C28,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C40,C41,C42,C44,C45,C49,C50,C51,C52,C55,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C71,C74,C75,C77,C79,C8,C80,C83,C84,C85,C86,C87,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
`Chr7:46629575`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	24	A23,A25,B1,B103,B115,B134,B136,B138,B139,B2,B33,B34,B51,B65,B75,B86,B98,C28,C38,C45,C50,C7,C8,D6
`Chr7:46629586`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B114,B17,B73,C30
`Chr7:46629587`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B114,B17,B73,C30
`Chr7:46629596`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	22	B101,B109,B135,B137,B24,B31,B42,B43,B52,B53,B60,B66,B74,B77,B86,B93,C22,C45,C47,C76,C80,C82
`Chr7:46629601`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B114,B17,B73,C30
`Chr7:46629995`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,B114,B73,B96
`Chr7:46630004`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr7:46630017`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B111,C39
`Chr7:46630027`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773526.1

415 aa

208

415

XendoU

PF09412 XendoU 148-411 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773526.1`	Pfam	`PF09412`	XendoU	Family	148	411	1.6e-98	329.8	Endoribonuclease XendoU

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917543.1
CGTCATTATTACTTGACGAATATGATTGGATTGGATTGGATTGGATATATAAAACTATCGTCCTATCATCACATCGCATTACTTGTAATGCAATCATACACTTGAATACAATACATAGATCTCCGCATCGACAATGGAGGGTTTAATACGGGGACTAGCCGATGTAGTGTTCAATCCTCGTGACGATGCTGATGACGATACTCGCGATCAACGATCCAGATCCACTTGGGCCGAGGTGGTGGGCGGGGAGCAGGAAGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992797
ATGGAGGGTTTAATACGGGGACTAGCCGATGTAGTGTTCAATCCTCGTGACGATGCTGATGACGATACTCGCGATCAACGATCCAGATCCACTTGGGCCGAGGTGGTGGGCGGGGAGCAGGAAGAAGATGACACTAGTCGTAGACCTTCGCGCCACACACAGGCACAGCGGCAGGAGATGTATGATCAAACGGAGCAGCGCCAATCAGGAAGAAAGGAAGTGTATGAATCAGGAGGATCGCGGCCTACACCCACAACCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773526.1
MEGLIRGLADVVFNPRDDADDDTRDQRSRSTWAEVVGGEQEEDDTSRRPSRHTQAQRQEMYDQTEQRQSGRKEVYESGGSRPTPTTHEYGDTNDDGWETVGQKRSSKTQHKVPKNQWNSYKRPLSEQEYSSDVDYGTSTEPSEEELADLSKALNKLWDLDLNRLVPGKDYEIDCGEGKKVYQKEDVADASLFTWLSDDIFRRPTYSRFCALLDNYNPEQGCKEVVTSEEKQEQKAFIEEISRTAVIKYLHKYLSAKGIIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器