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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003794

染色体: Chr07 坐标: 46703561-46707329 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003794
名称SmilChr07G003794
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL19
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向46703561 - 46707329 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992800
GeneID130992800
locus_tag-
NCBI NameLOC130992800
原始查询SmilChr07G003794

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL19
产物probable serine/threonine-protein kinase PBL19
ArabidopsisAT5G47070 (AT5G47070)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834753]
identity=66.8; qcov=0.785; evalue=1.01e-127; confidence=high
RiceOs09g0533600 (OsRLCK278)
-
identity=75.5; qcov=0.742; evalue=2.58e-136; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992800

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057773529.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057773533.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057773533.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773531.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773531.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:46704085 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C75
Chr7:46704402 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:46704445 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 17 A11,B23,B25,B29,B49,B79,C10,C12,C18,C20,C22,C32,C35,C36,C47,C68,C76
Chr7:46705091 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 102 A1,A10,A13,A15,A18,A19,A22,A23,A24,A5,A6,A9,B100,B102,B107,B11,B118,B12,B120,B121,B123,B125,B132,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B140,B19,B21,B22,B25,B28,B32,B34,B36,B38,B39,B41,B47,B52,B55,B58,B60,B62,B67,B69,B70,B71,B74,B78,B79,B8,B81,B82,B84,B86,B87,B88,B89,B91,B97,B99,C1,C17,C20,C21,C22,C23,C24,C26,C27,C3,C31,C32,C35,C37,C38,C4,C41,C42,C43,C47,C52,C55,C56,C59,C68,C70,C72,C73,C78,C82,C84,C86,C9,D1,D3,D7,D8
Chr7:46705093 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 101 A1,A10,A13,A15,A18,A19,A22,A23,A24,A5,A6,A9,B100,B102,B107,B11,B118,B12,B120,B121,B123,B125,B132,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B140,B19,B21,B22,B25,B28,B32,B34,B36,B38,B39,B41,B47,B52,B55,B58,B60,B62,B67,B69,B70,B71,B74,B78,B79,B8,B81,B82,B84,B86,B87,B88,B89,B91,B97,B99,C1,C17,C20,C21,C22,C23,C24,C26,C27,C3,C31,C32,C35,C37,C38,C4,C41,C42,C43,C47,C52,C55,C56,C59,C68,C70,C72,C73,C78,C82,C84,C86,C9,D3,D7,D8
Chr7:46705136 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B135,B47,B79,C37
Chr7:46705139 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 6 A19,B32,B91,B97,C4,D1
Chr7:46705142 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B32,B91
Chr7:46705142 G GT 1bp_insertion CDS_variant 2 B32,B91
Chr7:46705148 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr7:46705588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C69,C83
Chr7:46705666 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773529.1
429 aa
N
1
214
429
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 78-357 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 82-359 aa
XP_057773530.1
429 aa
N
1
214
429
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 78-357 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 82-359 aa
XP_057773531.1
410 aa
N
1
205
410
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 78-357 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 82-359 aa
XP_057773532.1
410 aa
N
1
205
410
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 78-357 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 82-359 aa
XP_057773533.1
330 aa
N
1
165
330
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 33-277 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 38-279 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773529.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 78 357 1.2e-46 160.0 Protein kinase domain
XP_057773529.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 82 359 2.9e-45 155.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057773530.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 78 357 1.2e-46 160.0 Protein kinase domain
XP_057773530.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 82 359 2.9e-45 155.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057773531.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 78 357 1.1e-46 160.1 Protein kinase domain
XP_057773531.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 82 359 2.6e-45 155.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057773532.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 78 357 1.1e-46 160.1 Protein kinase domain
XP_057773532.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 82 359 2.6e-45 155.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057773533.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 33 277 2.1e-41 142.8 Protein kinase domain
XP_057773533.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 38 279 9.7e-38 130.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917550.1
TATCCAATTTGACCAATTGAATTTCCAATTCCGCAGTTTCCAGTTTCCATTTCTCTCTCTCTTTCTCTATGAGAGAGATGGAGAGCTACGCTTTGTGTTCTCCAGTTGGTTTTACCTTTGACACTTGTCTTCGCCATTTTGCTTGCGGTGTTGGCAAACCAGAGCATTTTTTTTCCCCAATCTTCAATTCAATCTTCATTACTATCACCATCACCATCATCTTCACGTAATTCAGAGCTGAGCTGCTGTGATCGTGGAGC...
XM_057917547.1
TATCCAATTTGACCAATTGAATTTCCAATTCCGCAGTTTCCAGTTTCCATTTCTCTCTCTCTTTCTCTATGAGAGAGATGGAGAGCTACGCTTTGTGTTCTCCAGTTGGTTTTACCTTTGACACTTGTCTTCGCCATTTTGCTTGCGGTGTTGGCAAACCAGAGCATTTTTTTTCCCCAATCTTCAATTCAATCTTCATTACTATCACCATCACCATCATCTTCACGTAATTCAGAGCTGAGCTGCTGTGATCGTGGAGC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130992800
ATGATGAGCTGTTTCTACCTATTCAAACGCAAGAGCAAAAGGGGTGGGAATTCAGCACCTGAATTAGGCACCGCCAGTACTGGAGATAATAATTCCAGTAATCGTGCGGTTAAATCTACTGGTTCTCTACCATCTCCCACTGCTCGGGGCATACCGGAAATGTACAGAGAGAGAGAGGGGAGCCTCAGGGTTTTCTCTCTCATGGAGCTCAGAGAAGCAACCAATAATTTCAACAGACTGCTTAAGATCGGAGAAGGCGG...
LOC130992800
ATGATGAGCTGTTTCTACCTATTCAAACGCAAGAGCAAAAGGGGTGGGAATTCAGCACCTGAATTAGGCACCGCCAGTACTGGAGATAATAATTCCAGTAATCGTGCGGTTAAATCTACTGGTTCTCTACCATCTCCCACTGCTCGGGGCATACCGGAAATGTACAGAGAGAGAGAGGGGAGCCTCAGGGTTTTCTCTCTCATGGAGCTCAGAGAAGCAACCAATAATTTCAACAGACTGCTTAAGATCGGAGAAGGCGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057773529.1
MMSCFYLFKRKSKRGGNSAPELGTASTGDNNSSNRAVKSTGSLPSPTARGIPEMYREREGSLRVFSLMELREATNNFNRLLKIGEGGFGSVYKGSIKPADGGLGHPTIVAIKKLNTQGLQGHKQWIAEVQFLGVLDHPNLVKLLGYCAVDGERGIQRLLVYEYMQNKSLEDHLFNRTVPTIPWIRRLSIILGAAQGMEYLHEGLEVQVIYRDFKSSNVLLDKDFNPRLSDFGLAREGPTGNQTHVSTAPVGTRGYAAPEY...
XP_057773530.1
MMSCFYLFKRKSKRGGNSAPELGTASTGDNNSSNRAVKSTGSLPSPTARGIPEMYREREGSLRVFSLMELREATNNFNRLLKIGEGGFGSVYKGSIKPADGGLGHPTIVAIKKLNTQGLQGHKQWIAEVQFLGVLDHPNLVKLLGYCAVDGERGIQRLLVYEYMQNKSLEDHLFNRTVPTIPWIRRLSIILGAAQGMEYLHEGLEVQVIYRDFKSSNVLLDKDFNPRLSDFGLAREGPTGNQTHVSTAPVGTRGYAAPEY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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