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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003801

染色体: Chr07 坐标: 46818684-46819596 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003801
名称SmilChr07G003801
描述uncharacterized SmilChr07G003801
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向46818684 - 46819596 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994295
GeneID130994295
locus_tag-
NCBI NameLOC130994295
原始查询SmilChr07G003801

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G41240 (GSTT2)
glutathione S-transferase THETA 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834125]
identity=29.2; qcov=0.655; evalue=2.08e-10; confidence=low
RiceOs08g0225900
-
identity=37; qcov=0.517; evalue=9.23e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994295

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775324.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775324.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775324.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775324.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057775324.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:46818713 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 49 A18,A5,B106,B109,B111,B113,B118,B127,B13,B138,B140,B15,B18,B27,B32,B41,B5,B50,B55,B57,B59,B67,B68,B76,B77,B79,B84,B87,B89,B90,B92,C13,C21,C29,C30,C35,C40,C41,C49,C50,C53,C60,C64,C66,C72,C78,C79,C82,C83
Chr7:46818723 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B18,B88,C18
Chr7:46818723 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B88,C18
Chr7:46818732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,D7
Chr7:46818763 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C69
Chr7:46818766 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B136,C9
Chr7:46818768 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 19 B1,B118,B120,B130,B18,B27,B29,B36,B41,B43,B48,B57,B61,B63,B74,C28,C44,C59,C71
Chr7:46818777 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A23,B10,B132,B62,B82,B85,C80
Chr7:46818791 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 8 A24,B10,B104,B125,B64,C1,C45,C59
Chr7:46818792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,B80,C46
Chr7:46818795 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 8 A24,B10,B104,B125,B64,C1,C45,C59
Chr7:46818801 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 7 A22,B110,B47,C24,C3,C70,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919341.1
ATGTCTAATCCTCAAATATATCCCAACAATCCCATGAGTCAATCAGCCCCTTCATTTCAATTTTCATCCCAAGTGCATCCATCTCAGGGATTTCAGCCATACGGATATCCTCAACAATGGTATCCCCCTCCAGGATTTTCCCCACAAGGATATCCTTCACAGGGGTTTATGTTTTCTGACTCTTCTAGGAGGACCAGTGTAGATGGGAGTGGTACTGATGGAGGCACACCATCTTCAGGAAGACAGTTCAAGCATCATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994295
ATGTCTAATCCTCAAATATATCCCAACAATCCCATGAGTCAATCAGCCCCTTCATTTCAATTTTCATCCCAAGTGCATCCATCTCAGGGATTTCAGCCATACGGATATCCTCAACAATGGTATCCCCCTCCAGGATTTTCCCCACAAGGATATCCTTCACAGGGGTTTATGTTTTCTGACTCTTCTAGGAGGACCAGTGTAGATGGGAGTGGTACTGATGGAGGCACACCATCTTCAGGAAGACAGTTCAAGCATCATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775324.1
MSNPQIYPNNPMSQSAPSFQFSSQVHPSQGFQPYGYPQQWYPPPGFSPQGYPSQGFMFSDSSRRTSVDGSGTDGGTPSSGRQFKHHSVVGNEQKMDKMWKRIAKAYNENRPANTPNRKFKQLKAHFYKMQKQVKWFSECYNRIASIWKSGANDADIMEMAQTEYKQHHGTKGFKYVGVWKLLKEVPKFAEVQGNVQASKRTKNTEGGAYTSSSTAEETPTSHPMGHKAAKRKEKEKGKKDDLDALREVAKEHETMQQNTY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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