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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003822

染色体: Chr07 坐标: 47261770-47262135 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003822
名称SmilChr07G003822
描述uncharacterized SmilChr07G003822
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向47261770 - 47262135 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994302
GeneID130994302
locus_tag-
NCBI NameLOC130994302
原始查询SmilChr07G003822

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994302

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057775331.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057775331.1
3 Mitochondrion intermembrane space Mitochondrion intermembrane space 0.20000 XP_057775331.1
4 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.20000 XP_057775331.1
5 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057775331.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:47261773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B82,C39,C61
Chr7:47261816 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:47261824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,A9,B100,C18,C4
Chr7:47261853 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 5 B104,B108,B119,B122,B81
Chr7:47261853 GC G 1bp_deletion CDS_variant 5 B104,B108,B119,B122,B81
Chr7:47261907 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 33 A14,A8,B102,B105,B12,B122,B131,B136,B22,B3,B30,B31,B44,B45,B47,B55,B66,B7,B75,B81,B88,C12,C14,C17,C42,C47,C65,C76,C84,C86,C9,D4,D6
Chr7:47261933 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B25,B29,B35,B85
Chr7:47261933 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B25,B29,B35,B85
Chr7:47261937 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B26
Chr7:47261937 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 B26
Chr7:47261995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,B129
Chr7:47262047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919348.1
ATGCGTCTTGATGATGCATTATGGGCATATATGACAGCCTACAAAACACTATTTGGGATGTCACCTGACTCACCTTATCGGATGCTTTTTGGCAAAATGTGTCATCGGCCTGTAAAGCTTGAGCACAAGGCTTTATGGGCAGTTAACAAGATAAATTTCTATTGGGATAAAGTTGGGCAAGCAAGGAAGCTAGAGATCCAAGAATTTGAGAAAAATAGGCGAGAGGCCTATGACAATGTTGTTTTCTACAAAGAGAAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994302
ATGCGTCTTGATGATGCATTATGGGCATATATGACAGCCTACAAAACACTATTTGGGATGTCACCTGACTCACCTTATCGGATGCTTTTTGGCAAAATGTGTCATCGGCCTGTAAAGCTTGAGCACAAGGCTTTATGGGCAGTTAACAAGATAAATTTCTATTGGGATAAAGTTGGGCAAGCAAGGAAGCTAGAGATCCAAGAATTTGAGAAAAATAGGCGAGAGGCCTATGACAATGTTGTTTTCTACAAAGAGAAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775331.1
MRLDDALWAYMTAYKTLFGMSPDSPYRMLFGKMCHRPVKLEHKALWAVNKINFYWDKVGQARKLEIQEFEKNRREAYDNVVFYKEKMKKAQDAITQKEQFDYGQQVLYQTHFKFFKGKLGT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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