当前解析结果
SmilChr07G003826| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003826 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003826 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003826 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 47292482 - 47294489 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992824 |
|---|---|
| GeneID | 130992824 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992824 |
| 原始查询 | SmilChr07G003826 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0566300; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os02g0566300; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os02g0566300- identity=22.9; qcov=0.739; evalue=2.97e-09; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03732 (PEG10_N-capsid) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992824 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057773558.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057773558.1 |
| 3 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.40000 | XP_057773558.1 |
| 4 | Cytoplasmic ribonucleoprotein granule | Cytoplasmic ribonucleoprotein granule | 0.20000 | XP_057773558.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773558.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:47293023 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr7:47293035 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B121 |
Chr7:47293062 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B40,B56,B96,C61,C66 |
Chr7:47293112 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B92 |
Chr7:47293169 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr7:47293272 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A18 |
Chr7:47293284 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B78 |
Chr7:47293300 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B26,B4,B61 |
Chr7:47293343 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:47293406 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B30,B81,C59,C6,C84 |
Chr7:47293569 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A15,B45,B90,B92 |
Chr7:47293595 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B35 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773558.1PF03732
PEG10_N-capsid 79-150 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773558.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 79 | 150 | 1.7e-09 | 38.6 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。