当前解析结果
SmilChr07G003829| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003829 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003829 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003829 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 47359321 - 47360697 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994307 |
|---|---|
| GeneID | 130994307 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994307 |
| 原始查询 | SmilChr07G003829 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G13770 (AT2G13770)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=38.1; qcov=0.661; evalue=4.2e-58; confidence=medium |
| Rice | Os01g0872900- identity=48.9; qcov=0.85; evalue=1.32e-117; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994307 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057775336.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057775336.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057775336.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775336.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057775336.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:47359328 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B58 |
Chr7:47359333 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B31 |
Chr7:47359354 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A14,B26,C36,C43 |
Chr7:47359381 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr7:47359399 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B106,B48,B68,B82,C30 |
Chr7:47359399 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B106,B48,B68,B82,C30 |
Chr7:47359408 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B64,C24 |
Chr7:47359414 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | A18,B101,B24,B31,B53,B66,B89,C35 |
Chr7:47359420 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 120 | A10,A15,A16,A20,A21,A23,A5,A6,A8,B100,B101,B105,B106,B110,B113,B115,B119,B12,B122,B127,B130,B131,B136,B138,B140,B15,B16,B19,B2,B24,B25,B26,B29,B30,B32,B34,B35,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B44,B45,B46,B48,B49,B50,B53,B54,B55,B57,B60,B64,B67,B68,B70,B71,B73,B77,B78,B8,B80,B82,B83,B84,B98,C1,C10,C11,C13,C14,C16,C18,C23,C24,C25,C28,C3,C30,C32,C33,C34,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C45,C48,C49,C53,C54,C55,C57,C6,C61,C62,C63,C66,C67,C68,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C78,C82,C84,C86,D1,D11,D7,D8,D9 |
Chr7:47359421 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B113,B136,B30,B35,C55 |
Chr7:47359423 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,B24,B53 |
Chr7:47359441 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,B119 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775336.1PF28509
DUF8418 73-111 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 202-348 aa
PF04827
Plant_tran 205-358 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775336.1 |
Pfam | PF28509 |
DUF8418 | Domain | 73 | 111 | 2.1e-16 | 60.1 | Domain of unknown function (DUF8418) |
XP_057775336.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 202 | 348 | 1.1e-08 | 35.6 | DDE superfamily endonuclease |
XP_057775336.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 205 | 358 | 3.5e-75 | 252.8 | Plant transposon protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。