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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003834

染色体: Chr07 坐标: 47447073-47450889 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003834
名称SmilChr07G003834
描述uncharacterized SmilChr07G003834
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向47447073 - 47450889 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992829
GeneID130992829
locus_tag-
NCBI NameLOC130992829
原始查询SmilChr07G003834

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs08g0208400
-
identity=43; qcov=0.732; evalue=0; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF02992 (Transposase_21); PF13952 (DUF4216); PF13960 (DUF4218); PF13963 (Transpos_assoc)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992829

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773560.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773560.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773560.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773560.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057773560.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773560.1
1134 aa
N
1
567
1134
Transpos_assoc
Transposase_21
DUF4218
DUF4216
C
PF13963 Transpos_assoc 4-76 aa PF02992 Transposase_21 279-485 aa PF13960 DUF4218 671-783 aa PF13952 DUF4216 943-1015 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773560.1 Pfam PF13963 Transpos_assoc Domain 4 76 1.3e-20 74.0 Transposase-associated domain
XP_057773560.1 Pfam PF02992 Transposase_21 Family 279 485 3e-95 318.2 Transposase family tnp2
XP_057773560.1 Pfam PF13960 DUF4218 Domain 671 783 5.6e-43 146.1 Domain of unknown function (DUF4218)
XP_057773560.1 Pfam PF13952 DUF4216 Domain 943 1015 6.3e-23 81.8 Domain of unknown function (DUF4216)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917577.1
GATGGATCATCAATGGGTAAAGAATAGGAATCGAATTTCTTCAGAGTATATTGATGGAATAAAGGAGTTCATGCATGTTGCTAGACAAAGTTTGAATTTAGATGGATTAACCTTGTGCCCTTGCAACAACTGTTTGAATACAAGATTGCAAAGTATGGAAGACATTAAACTTCACTTGATTGATGTGGGAATTGATACTTCATACACACGATGGGTCTACCATGGTGAGGAAAAAACAGATGAGGATTTTGATGGGGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992829
ATGGATCATCAATGGGTAAAGAATAGGAATCGAATTTCTTCAGAGTATATTGATGGAATAAAGGAGTTCATGCATGTTGCTAGACAAAGTTTGAATTTAGATGGATTAACCTTGTGCCCTTGCAACAACTGTTTGAATACAAGATTGCAAAGTATGGAAGACATTAAACTTCACTTGATTGATGTGGGAATTGATACTTCATACACACGATGGGTCTACCATGGTGAGGAAAAAACAGATGAGGATTTTGATGGGGTTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773560.1
MDHQWVKNRNRISSEYIDGIKEFMHVARQSLNLDGLTLCPCNNCLNTRLQSMEDIKLHLIDVGIDTSYTRWVYHGEEKTDEDFDGVFANDDVGLEAGLHDAVGNQFFDIGPTDDLIENQQPNHENNARYEKLFEVVHNPLYEGCGESALTFVVKLMNIKVLNKWSDKSFEMLLKLLHEVLPQDNNCPDSYYNTRKLLCEVGLGYDTIDVCQYDCAIFYGEYENATVCPVCKSGRYIRHKIPHKRLRYFPITPRLKRLYAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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