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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003841

染色体: Chr07 坐标: 47571268-47572337 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003841
名称SmilChr07G003841
描述uncharacterized SmilChr07G003841
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向47571268 - 47572337 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992840
GeneID130992840
locus_tag-
NCBI NameLOC130992840
原始查询SmilChr07G003841

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述SUPPRESSOR OF AUXIN RESISTANCE 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844407]; symbol=SAR3; hit=AT1G80680; species=arabidopsis; confidence=weak
产物SUPPRESSOR OF AUXIN RESISTANCE 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844407]; symbol=SAR3; hit=AT1G80680; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT1G80680 (SAR3)
SUPPRESSOR OF AUXIN RESISTANCE 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844407]
identity=50; qcov=0.277; evalue=4.39e-09; confidence=weak
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992840

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773582.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057773582.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057773582.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773582.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773582.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:47571541 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 37 A13,A14,A18,A20,A22,A6,B105,B108,B109,B111,B122,B133,B138,B15,B22,B26,B27,B55,B56,B57,B64,B67,B79,B8,B81,B86,C23,C32,C36,C4,C68,C7,C70,C75,C82,C84,D10
Chr7:47571574 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 12 B127,B130,B57,B71,B73,B78,B8,B88,C12,C4,C55,C62
Chr7:47571576 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 12 B127,B130,B57,B71,B73,B78,B8,B88,C12,C4,C55,C62
Chr7:47571839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B59,B75,C38,C43
Chr7:47571855 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 20 A13,A20,A8,B1,B106,B16,B18,B25,B6,B70,B72,B76,B87,C20,C22,C25,C27,C67,C70,D5
Chr7:47571866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr7:47571898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B65,C21,C29
Chr7:47571930 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr7:47571934 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr7:47571962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr7:47572027 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 13 A7,A9,B136,B30,B43,B69,B71,C15,C17,C30,C5,C71,C75
Chr7:47572042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,C53,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091428.1
TCAATCTCTAATAACCATTCTAATTAAGAAGCCCCACTACGCCAAATCCTCTTCTCCACTAAAATCCCCACTATCTCTCTAGCCGACTGATCCCCTTGATCATATAACTGGGATGGCATTTCACTCTTGTTTATCCGAAGGTAGAGTCCCTTATCCTACCCTAGGACGCCGTTCCTTCATCTATTTTTCAGACGCCGCTTGCCGGCGGACGCCTCCCTTCTCTCTCCACTTCTCTTTTCGTCGCCTCGTCCATTTGTTTT...
XM_057917599.1
TATCAATCTCTAATAACCATTCTAATTAAGAAGCCCCACTACGCCAAATCCTCTTCTCCACTAAAATCCCCACTATCTCTCTAGCCGACTGATCCCCTTGATCATATAACTGGGATGGCATTTCACTCTTGTTTATCCGAAGGTAGAGTCCCTTATCCTACCCTAGGACGCCGTTCCTTCATCTATTTTTCAGACGCCGCTTGCCGGCGGACGCCTCCCTTCTCTCTCCACTTCTCTTTTCGTCGCCTCGTCCATTTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992840
ATGGCATTTCACTCTTGTTTATCCGAAGGTAGAGTCCCTTATCCTACCCTAGGACGCCGTTCCTTCATCTATTTTTCAGACGCCGCTTGCCGGCGGACGCCTCCCTTCTCTCTCCACTTCTCTTTTCGTCGCCTCGTCCATTTGTTTTCCGGTGAGCCACTGTCACATCTCCTGCCCCACGCACCCCTCATCTCTTGGTCGGACAGACATCAACGGAGAGCCAACACCACCACGACGGACAGTTGCGCCACTCAGCCGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773582.1
MAFHSCLSEGRVPYPTLGRRSFIYFSDAACRRTPPFSLHFSFRRLVHLFSGEPLSHLLPHAPLISWSDRHQRRANTTTTDSCATQPPPPLLLRRECRLPPFPHLPISTSYAHELNSKHTPTPSYSLISVHAIFYNYTGDLPKALLHFLECGIWYKSHSVFLTSAAPSLFCQNS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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