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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003856

染色体: Chr07 坐标: 47871552-47921074 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003856
名称SmilChr07G003856
描述uncharacterized SmilChr07G003856
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向47871552 - 47921074 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993110
GeneID130993110
locus_tag-
NCBI NameLOC130993110
原始查询SmilChr07G003856

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827480]; symbol=AT4G17610; hit=AT4G17610; species=arabidopsis; confidence=high
产物tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827480]; symbol=AT4G17610; hit=AT4G17610; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G17610 (AT4G17610)
tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827480]
identity=48.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0100500
-
identity=60.6; qcov=0.119; evalue=6.58e-85; confidence=weak
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0016423 (tRNA (guanine) methyltransferase activity); GO:0030488 (tRNA methylation)
KEGG-
PfamPF00588 (SpoU_methylase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993110

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773843.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057773843.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773843.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773843.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773843.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:47871947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B31,C17
Chr7:47879237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B61,B99,C5,C71,D4
Chr7:47879449 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:47879518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:47879599 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr7:47879912 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr7:47880335 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B43,B44,C31
Chr7:47884464 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:47884853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr7:47884873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B140,C43,C87,D10
Chr7:47885025 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C21,C22,C47,C76
Chr7:47885234 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C8,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773843.1
1833 aa
N
1
916
1833
SpoU_methylase
C
PF00588 SpoU_methylase 1688-1823 aa
XP_057773844.1
1833 aa
N
1
916
1833
SpoU_methylase
C
PF00588 SpoU_methylase 1688-1823 aa
XP_057773845.1
1815 aa
N
1
908
1815
SpoU_methylase
C
PF00588 SpoU_methylase 1670-1805 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773843.1 Pfam PF00588 SpoU_methylase Family 1688 1823 1.2e-25 91.0 SpoU rRNA Methylase family
XP_057773844.1 Pfam PF00588 SpoU_methylase Family 1688 1823 1.2e-25 91.0 SpoU rRNA Methylase family
XP_057773845.1 Pfam PF00588 SpoU_methylase Family 1670 1805 2.2e-25 90.1 SpoU rRNA Methylase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917862.1
ATTTTGAAAGATGATTTCCATGGTTTAACCGTTTAAGGCTTAAGCATCAAACGCCAGCAGCAGAGAGGAGGGCTGAATATTCAAATGGAGTCTATCGTTGCTTCACTTTTGAGCAGTTTCCGGCGGATTCCTCCGGCGGCGATTCCGGCGGTGCTTGACTGCATATTGACGTCCACAGCCGCGTCTCCATCCTCACTCTTCTATCGTCTTCTCGATGAATTTCCCGATATCTCTAAGGGTATTGTACAAAAAGGTGAACA...
XM_057917860.1
TTTTGAAAGATGATTTCCATGGTTTAACCGTTTAAGGCTTAAGCATCAAACGCCAGCAGCAGAGAGGAGGGCTGAATATTCAAATGGAGTCTATCGTTGCTTCACTTTTGAGCAGTTTCCGGCGGATTCCTCCGGCGGCGATTCCGGCGGTGCTTGACTGCATATTGACGTCCACAGCCGCGTCTCCATCCTCACTCTTCTATCGTCTTCTCGATGAATTTCCCGATATCTCTAAGGGTATTGTACAAAAAGGTGAACAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130993110
ATGGAGTCTATCGTTGCTTCACTTTTGAGCAGTTTCCGGCGGATTCCTCCGGCGGCGATTCCGGCGGTGCTTGACTGCATATTGACGTCCACAGCCGCGTCTCCATCCTCACTCTTCTATCGTCTTCTCGATGAATTTCCCGATATCTCTAAGGGTATTGTACAAAAAGGTGAACAAATCGACAGTGAGTGGCGTAACTCTGTTGCAACCTATGTGGCTGCCCTATCTCACTTTGTAAAGAAGTCCGGCCCTCATGACAT...
LOC130993110
ATGGAGTCTATCGTTGCTTCACTTTTGAGCAGTTTCCGGCGGATTCCTCCGGCGGCGATTCCGGCGGTGCTTGACTGCATATTGACGTCCACAGCCGCGTCTCCATCCTCACTCTTCTATCGTCTTCTCGATGAATTTCCCGATATCTCTAAGGGTATTGTACAAAAAGGTGAACAAATCGACAGTGAGTGGCGTAACTCTGTTGCAACCTATGTGGCTGCCCTATCTCACTTTGTAAAGAAGTCCGGCCCTCATGACAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057773843.1
MESIVASLLSSFRRIPPAAIPAVLDCILTSTAASPSSLFYRLLDEFPDISKGIVQKGEQIDSEWRNSVATYVAALSHFVKKSGPHDMHIFVCNIWIPLLKLVHPCDRELFNEVSTLFLNVVKETNSWEVLEETMVPLLLRSIGLSMGMSQNEQFAIYKWSENPISNGSMDEDMRPKLLGDFHNKLTDNYIPKDVLVCNSYIIPLSIACHILTLTLYAALRSTYEDIIPESTLAIGSLAKTFAGKMLWDLSSLTLKMLIQT...
XP_057773844.1
MESIVASLLSSFRRIPPAAIPAVLDCILTSTAASPSSLFYRLLDEFPDISKGIVQKGEQIDSEWRNSVATYVAALSHFVKKSGPHDMHIFVCNIWIPLLKLVHPCDRELFNEVSTLFLNVVKETNSWEVLEETMVPLLLRSIGLSMGMSQNEQFAIYKWSENPISNGSMDEDMRPKLLGDFHNKLTDNYIPKDVLVCNSYIIPLSIACHILTLTLYAALRSTYEDIIPESTLAIGSLAKTFAGKMLWDLSSLTLKMLIQT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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