Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003858`

染色体: Chr07 坐标: 47932332-47940072 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003858`
名称	SmilChr07G003858
描述	subtilisin-like protease SBT2.5
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	47932332 - 47940072 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130993112`
GeneID	`130993112`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130993112`
原始查询	`SmilChr07G003858`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	subtilisin-like protease SBT2.5
产物	subtilisin-like protease SBT2.5
Arabidopsis	`AT2G19170` (SLP3) subtilisin-like serine protease 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816434] identity=45.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0543700` (OsSub42) - identity=54; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF00082 (Peptidase_S8); PF05922 (Inhibitor_I9); PF17766 (fn3_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130993112

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057773847.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057773847.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057773847.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057773847.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057773847.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:47932759`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,B27,B50,B57
`Chr7:47932810`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C8,C86
`Chr7:47932930`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,A8,B3,B81,B88
`Chr7:47933119`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr7:47933641`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47
`Chr7:47933938`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B51
`Chr7:47933973`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B58
`Chr7:47934888`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr7:47934973`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr7:47935182`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr7:47937168`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:47937206`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773847.1

798 aa

399

798

Inhibitor_I9

Peptidase_S8

fn3_6

PF05922 Inhibitor_I9 47-109 aa PF00082 Peptidase_S8 136-628 aa PF17766 fn3_6 698-792 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057773847.1`	Pfam	`PF05922`	Inhibitor_I9	Domain	47	109	8.1e-07	30.4	Peptidase inhibitor I9
`XP_057773847.1`	Pfam	`PF00082`	Peptidase_S8	Domain	136	628	4.4e-45	154.9	Subtilase family
`XP_057773847.1`	Pfam	`PF17766`	fn3_6	Domain	698	792	1.6e-20	73.8	Fibronectin type-III domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057917864.1
TCCACTGCATTTCTCCAAGCTAGCTTCTTAAATAATTAATTCTATCCTATATATTAATTTATATAGTTGGCGATGATATTCATTTTTGTGATCAATATCCTTCTCTTTTATTTCACAGCCGATGCCAAAGTCTTGATGGTTCTCATGGAGGACGACCCTCTTCTCACCAATACGTCACTAAGCGGTGGTGGCGGCGACGCCGAATTTTACAAGGAGAAATTGACGCAGCAGCACGACATTTTCCTTGAATCGCTACTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130993112
ATGATATTCATTTTTGTGATCAATATCCTTCTCTTTTATTTCACAGCCGATGCCAAAGTCTTGATGGTTCTCATGGAGGACGACCCTCTTCTCACCAATACGTCACTAAGCGGTGGTGGCGGCGACGCCGAATTTTACAAGGAGAAATTGACGCAGCAGCACGACATTTTCCTTGAATCGCTACTGGAGAAAGGATTCTACATCAAGCTCTATAGTTATACTCATTTGTTGAATGGCTTTGCAATCCATTCAAACAATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057773847.1
MIFIFVINILLFYFTADAKVLMVLMEDDPLLTNTSLSGGGGDAEFYKEKLTQQHDIFLESLLEKGFYIKLYSYTHLLNGFAIHSNNQEVAHLLGSAKGVRSVHEDTKMEKLTTYTPDFLDINSGAWPALGGYAAAGKGVVIGLIDTGINPTHPSFTTGASPAPPKFSRFKGKCATGDKFPESACNGKIVGAQYFARAAIAAGDFNATRDVASPFDSDGHGSHTASTAAGIHNIPVIVNNFNYGYASGMAPGASIAVYKAM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器