Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003862`

染色体: Chr07 坐标: 48086325-48090540 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003862`
名称	SmilChr07G003862
描述	uncharacterized SmilChr07G003862
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	48086325 - 48090540 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994571`
GeneID	`130994571`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994571`
原始查询	`SmilChr07G003862`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SIP10; symbol=SIP10; hit=Os05g0170800; species=rice; confidence=medium
产物	SIP10; symbol=SIP10; hit=Os05g0170800; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os05g0170800` (SIP10) - identity=50.5; qcov=0.892; evalue=1.61e-23; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994571

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057775595.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057775595.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057775595.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775595.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775595.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:48086444`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	51	A10,A16,A25,A3,A5,B11,B114,B117,B119,B122,B129,B136,B21,B22,B30,B38,B46,B47,B55,B59,B61,B66,B7,B76,B79,B8,B85,B92,B94,B99,C18,C2,C25,C29,C34,C36,C37,C44,C49,C5,C52,C58,C67,C7,C79,C82,C86,C9,D3,D6,D9
`Chr7:48086452`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	13	A18,B16,B27,B3,B61,C24,C3,C45,C48,C49,C62,C69,D11
`Chr7:48086487`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C25
`Chr7:48086487`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C25
`Chr7:48086508`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B38
`Chr7:48086508`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B38
`Chr7:48086521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,C65
`Chr7:48086555`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr7:48086767`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A2,B123
`Chr7:48086767`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B123
`Chr7:48086773`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	158	A11,A14,A15,A16,A18,A19,A20,A21,A22,A24,A3,A5,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B104,B107,B108,B11,B110,B111,B112,B114,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B130,B131,B132,B133,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B21,B22,B23,B27,B3,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B53,B56,B58,B6,B62,B63,B65,B68,B71,B73,B74,B75,B76,B80,B81,B82,B85,B88,B89,B9,B91,B93,B95,B96,B98,B99,C1,C10,C16,C18,C20,C21,C22,C24,C25,C27,C28,C3,C30,C31,C33,C34,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C52,C53,C54,C55,C58,C6,C60,C64,C65,C66,C7,C72,C73,C75,C76,C77,C8,C80,C81,C83,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D3,D7,D8
`Chr7:48086788`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B118,C30,C50,C64,C66,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XR_009091798.1
TGAAGTTGATTTTTTTTTCTTTTCAAATTGATGATTGCATTAGGATTACAAGGAAGCGGCTAGGCTTCGCGATTCACTGAAACTTTTTGAGGAAGAGGAGCTAGCTTTGCGACTTCAAAGGTTGTTGAAAGAGGCCATTTCCCAGGAAAGATTTGAGCTACCTACTGCGATGAGTTAAAGGAAATTGCTCCCTATACTCTTTTGAAGTGCTCGAGTGACGCTACAACCTTGGAAGGTGACTATGAGATGAAGCACATAGA...

XR_009091797.1
CTTTTCAAATTGATGATTGCATTAGGATTACAAGGAAGCGGCTAGGCTTCGCGATTCACTGAAACTTTTTGAGGAAGAGGAGCTAGCTTTGCGACTTCAAAGGTTGTTGAAAGAGGCCATTTCCCAGGAAAGATTTGAGCTACCTACTGCGATGAGTTAAAGGAAATTGCTCCCTATACTCTTTTGAAGTGCTCGAGTGACGCTACAACCTTGGGAATTAGAGTCCAAGTAAGGAGTGTGTACATTGCAGGTAGAAGTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994571
ATGCATATAGGATTAGAATCACCAACCTATCCGATCGCCCCCGTGCAACTTCTTAGACGTCATTGGATCATAACTGATGCCAATGGAAGAACTGAGACAGTCCAGTTAAGCTTCCAGTTTCCCACCTTTACCCCTCAGTACTTCAATAGACTCGATTCTGTATCTGTTTTTGAGGAAGGTGACTATGAGATGAAGCACATAGATAAAGTTGGAACTCGGACGTTCAATGTAGCTATTGCCCCCTTTGCTCTGTCCACATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775595.1
MHIGLESPTYPIAPVQLLRRHWIITDANGRTETVQLSFQFPTFTPQYFNRLDSVSVFEEGDYEMKHIDKVGTRTFNVAIAPFALSTFGDDISVEIIQLICSF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器