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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003864

染色体: Chr07 坐标: 48113538-48116630 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003864
名称SmilChr07G003864
描述bax inhibitor 1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向48113538 - 48116630 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994573
GeneID130994573
locus_tag-
NCBI NameLOC130994573
原始查询SmilChr07G003864

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bax inhibitor 1-like
产物bax inhibitor 1-like
ArabidopsisAT5G47120 (BI1)
BAX inhibitor 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834758]
identity=73.1; qcov=0.96; evalue=7.92e-121; confidence=high
RiceOs02g0125300 (OsBI-1)
-
identity=66; qcov=0.96; evalue=3.04e-97; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF01027 (Bax1-I)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994573

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057775597.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057775597.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057775597.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775597.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775597.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:48113818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr7:48113963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B35,C32,C68
Chr7:48114239 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr7:48114294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B122,C46,D2,D7
Chr7:48114295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B122,C46,D2,D7
Chr7:48115500 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 6 B126,B132,B42,B69,C33,D7
Chr7:48115503 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 6 B126,B132,B42,B69,C33,D7
Chr7:48115662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C31,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775597.1
254 aa
N
1
127
254
Bax1-I
C
PF01027 Bax1-I 33-232 aa
XP_057775598.1
248 aa
N
1
124
248
Bax1-I
C
PF01027 Bax1-I 33-235 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775597.1 Pfam PF01027 Bax1-I Domain 33 232 1.3e-47 163.1 Inhibitor of apoptosis-promoting Bax1
XP_057775598.1 Pfam PF01027 Bax1-I Domain 33 235 2.3e-48 165.5 Inhibitor of apoptosis-promoting Bax1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919615.1
AAGACTTGTGACCAAAGAAAGTGCATCTTCCACGAAGTTACCTGCCCCGCCCCGTTCTATATATATACCAACGTAAACTGTCAAATTTTTTTCATCAGAACAGACCCACGACTCTCTCGAGAAAAAGTAAGGTAAATCAATGGATTCGTTTTCTTCTTTCTTCGATTCGCAATCTTCCTCTCGAAACCGATGGAGTTATGATTCACTCAAGAATTTCCGGCAGATTTCTCCCGTTGTTCAAACACATCTTAAACAGGTGT...
XM_057919614.1
CCACGAAGTTACCTGCCCCGCCCCGTTCTATATATATACCAACGTAAACTGTCAAATTTTTTTCATCAGAACAGACCCACGACTCTCTCGAGAAAAAGTAAGGTAAATCAATGGATTCGTTTTCTTCTTTCTTCGATTCGCAATCTTCCTCTCGAAACCGATGGAGTTATGATTCACTCAAGAATTTCCGGCAGATTTCTCCCGTTGTTCAAACACATCTTAAACAGGTGTATCTTTCTCTATGTTGCGCATTGTTGGCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130994573
ATGGATTCGTTTTCTTCTTTCTTCGATTCGCAATCTTCCTCTCGAAACCGATGGAGTTATGATTCACTCAAGAATTTCCGGCAGATTTCTCCCGTTGTTCAAACACATCTTAAACAGGTGTATCTTTCTCTATGTTGCGCATTGTTGGCATCGGCAGTTGGGGTTTATCTTCACATTCTTTGGAACGTGGGCGGTACACTGACCTCTCTCGGATGCATGGGCTGCATCTTTTGGTTGCTAGCTACTCCTTTTCACCAAGA...
LOC130994573
ATGGATTCGTTTTCTTCTTTCTTCGATTCGCAATCTTCCTCTCGAAACCGATGGAGTTATGATTCACTCAAGAATTTCCGGCAGATTTCTCCCGTTGTTCAAACACATCTTAAACAGGTGTATCTTTCTCTATGTTGCGCATTGTTGGCATCGGCAGTTGGGGTTTATCTTCACATTCTTTGGAACGTGGGCGGTACACTGACCTCTCTCGGATGCATGGGCTGCATCTTTTGGTTGCTAGCTACTCCTTTTCACCAAGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057775597.1
MDSFSSFFDSQSSSRNRWSYDSLKNFRQISPVVQTHLKQVYLSLCCALLASAVGVYLHILWNVGGTLTSLGCMGCIFWLLATPFHQEQKKVSLLMAAALLEGASIGPLVQLAIEFDPSIVVSAFIGCSLAFGCFSGAAMLARRREYLYLGGLLSSGLSILLWLHFASSIFGGSMALFKFELYFGLLVFVGYIVVDTQDIIEKAHLGDLDYVNHALTLFTDFVAVFVRVLIIMVGVIYDVISVSIFILLFFICLP
XP_057775598.1
MDSFSSFFDSQSSSRNRWSYDSLKNFRQISPVVQTHLKQVYLSLCCALLASAVGVYLHILWNVGGTLTSLGCMGCIFWLLATPFHQEQKKVSLLMAAALLEGASIGPLVQLAIEFDPSIVVSAFIGCSLAFGCFSGAAMLARRREYLYLGGLLSSGLSILLWLHFASSIFGGSMALFKFELYFGLLVFVGYIVVDTQDIIEKAHLGDLDYVNHALTLFTDFVAVFVRVLIIMLKNASEKEGKKKKKRN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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