Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003865

染色体: Chr07 坐标: 48125681-48132465 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003865
名称SmilChr07G003865
描述uncharacterized SmilChr07G003865
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向48125681 - 48132465 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994574
GeneID130994574
locus_tag-
NCBI NameLOC130994574
原始查询SmilChr07G003865

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827405]; symbol=AT4G16970; hit=AT4G16970; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827405]; symbol=AT4G16970; hit=AT4G16970; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G16970 (AT4G16970)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827405]
identity=40.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
RiceOs10g0563500
-
identity=49.9; qcov=0.376; evalue=6.87e-89; confidence=low
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0044773 (mitotic DNA damage checkpoint signaling)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994574

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775599.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775599.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775599.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775599.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057775599.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:48126010 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,B99
Chr7:48126018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,B8,C14,C32,C68
Chr7:48126250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B82,C12,C39,D10
Chr7:48126376 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,B99
Chr7:48126492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,B8,C14,C32,C68
Chr7:48127699 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B67,D6
Chr7:48127835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C3,C42,C70,C84
Chr7:48128078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B67,D6
Chr7:48128990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:48129873 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr7:48130053 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr7:48130227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775599.1
944 aa
N
1
472
944
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF00069 Pkinase 453-597 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 454-603 aa PF00069 Pkinase 784-920 aa
XP_057775600.1
907 aa
N
1
454
907
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF00069 Pkinase 453-597 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 454-614 aa PF00069 Pkinase 747-883 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775599.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 453 597 7.2e-43 147.6 Protein kinase domain
XP_057775599.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 454 603 3.7e-12 46.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057775599.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 784 920 7.2e-43 147.6 Protein kinase domain
XP_057775600.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 453 597 6.7e-43 147.7 Protein kinase domain
XP_057775600.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 454 614 1.7e-12 47.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057775600.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 747 883 6.7e-43 147.7 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919617.1
ATAAATTTGAAGTAACTTTAGTGAAGGCCAAACAAGTCCTTGGTATGGCGGGAAGCCGCACGTGGAAGCGATGTTTCAATTCCTCTCTAAATTTGACCCAAATCCTCAATTTCCCGCCTCCTCCTCCAAAACCCTTGTACACTACCCCCATCAATCACAAACCATTTCTGCTCTCTGCATTTCATTTCATGTATGTTTTCGTCTGAAGTTTCCCGGATCTGACAACTGATGGATGCTTACCAGCTCAGCGCTGACGCCGC...
XM_057919616.1
ATAAATTTGAAGTAACTTTAGTGAAGGCCAAACAAGTCCTTGGTATGGCGGGAAGCCGCACGTGGAAGCGATGTTTCAATTCCTCTCTAAATTTGACCCAAATCCTCAATTTCCCGCCTCCTCCTCCAAAACCCTTGTACACTACCCCCATCAATCACAAACCATTTCTGCTCTCTGCATTTCATTTCATGTATGTTTTCGTCTGAAGTTTCCCGGATCTGACAACTGATGGATGCTTACCAGCTCAGCGCTGACGCCGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130994574
ATGGATGCTTACCAGCTCAGCGCTGACGCCGCCGCGTGGAATGTGCTCGGACTTTTGCTCTCCAAGGGCCGCCCCACCCATCCCTCCGAGCTGACTCTCCGTTCTACTCCAGATTCCATACGCTTCCTCTGTTCAATCCCTAATTCTCCTCTCCGACTCGCGGATGACGACCTCGTCACGGTCTCGCCGATCGGAGCTGCCGCTCTCGCCCAATTTTTGTTAAATTCAGATTTGATTACAAGATACTTGGATTTGCCACA...
LOC130994574
ATGGATGCTTACCAGCTCAGCGCTGACGCCGCCGCGTGGAATGTGCTCGGACTTTTGCTCTCCAAGGGCCGCCCCACCCATCCCTCCGAGCTGACTCTCCGTTCTACTCCAGATTCCATACGCTTCCTCTGTTCAATCCCTAATTCTCCTCTCCGACTCGCGGATGACGACCTCGTCACGGTCTCGCCGATCGGAGCTGCCGCTCTCGCCCAATTTTTGTTAAATTCAGATTTGATTACAAGATACTTGGATTTGCCACA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057775599.1
MDAYQLSADAAAWNVLGLLLSKGRPTHPSELTLRSTPDSIRFLCSIPNSPLRLADDDLVTVSPIGAAALAQFLLNSDLITRYLDLPHFVPGLLAHFRLNALQRTYCRKRKRVPADEDFLTTKTKRFDLDLNDVKSSNQIAITIPHKFENVTTQGISSLPTLSVFDCWNLERDVFIPEAHRKSEFNSETENAAEAEIPNMQISSTRHGPQIMAEELLNYVPSPKRPSHPLSSNFEEGGGIGDNGIVDHVINSMTISASSKL...
XP_057775600.1
MDAYQLSADAAAWNVLGLLLSKGRPTHPSELTLRSTPDSIRFLCSIPNSPLRLADDDLVTVSPIGAAALAQFLLNSDLITRYLDLPHFVPGLLAHFRLNALQRTYCRKRKRVPADEDFLTTKTKRFDLDLNDVKSSNQIAITIPHKFENVTTQGISSLPTLSVFDCWNLERDVFIPEAHRKSEFNSETENAAEAEIPNMQISSTRHGPQIMAEELLNYVPSPKRPSHPLSSNFEEGGGIGDNGIVDHVINSMTISASSKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器