Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003881

染色体: Chr07 坐标: 48440398-48441269 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003881
名称SmilChr07G003881
描述uncharacterized SmilChr07G003881
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向48440398 - 48441269 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994318
GeneID130994318
locus_tag-
NCBI NameLOC130994318
原始查询SmilChr07G003881

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994318

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775347.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057775347.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775347.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775347.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775347.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:48440438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr7:48440439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B101,B57,C74
Chr7:48440451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr7:48440487 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr7:48440498 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B115,B18,B2,B85
Chr7:48440502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C83
Chr7:48440606 G GGC 2bp_insertion frameshift_variant 5 B104,B107,B122,B54,C46
Chr7:48440606 G GGC 2bp_insertion CDS_variant 5 B104,B107,B122,B54,C46
Chr7:48440607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,C2
Chr7:48440632 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr7:48440862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr7:48440867 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919364.1
ATGTTCATATCTGCAGTGTGCCGGCCACTATTTGCTGCAGATGGCAGCATTATATTTGATGGGAAGATAGGCATATTCCCATTTACAGAGATGGTGGCAGCAAAAAGATCAAGTAAGAACAGGGTGGCTGGAACTCTAGAGCAAAAGCCCATAGAAAGTGTGAGCAAACCAGTTATGAGAGACTTTTTCATCAACAAGATTGTGCCTGCCATCATAACCAAGTGGCCCTCTTTTGCAAGCAAAGATGTGTTTATTCAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994318
ATGTTCATATCTGCAGTGTGCCGGCCACTATTTGCTGCAGATGGCAGCATTATATTTGATGGGAAGATAGGCATATTCCCATTTACAGAGATGGTGGCAGCAAAAAGATCAAGTAAGAACAGGGTGGCTGGAACTCTAGAGCAAAAGCCCATAGAAAGTGTGAGCAAACCAGTTATGAGAGACTTTTTCATCAACAAGATTGTGCCTGCCATCATAACCAAGTGGCCCTCTTTTGCAAGCAAAGATGTGTTTATTCAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775347.1
MFISAVCRPLFAADGSIIFDGKIGIFPFTEMVAAKRSSKNRVAGTLEQKPIESVSKPVMRDFFINKIVPAIITKWPSFASKDVFIQQDNARPHICNDDLEFREAATRDGFNINIVNQPPNSPDTNINDLGFFRAIQSLQTEIACSDVDDLVNAVHKAYEDLDPMALNCVFLSLQGCMLEIMKVKGNNCYKLPHMKKGALIRQDLLPTSLEVPHELVTQSMKYLKDQGAEEGLEELMDRLGINEANMDGIEELFNAMMLLD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器