Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003885`

染色体: Chr07 坐标: 48504509-48505364 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003885`
名称	SmilChr07G003885
描述	phospholipase A1-IIdelta-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	48504509 - 48505364 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994588`
GeneID	`130994588`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994588`
原始查询	`SmilChr07G003885`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phospholipase A1-IIdelta-like
产物	phospholipase A1-IIdelta-like
Arabidopsis	`AT2G42690` (AT2G42690) alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818869] identity=41.6; qcov=1.16; evalue=2.36e-50; confidence=medium
Rice	`Os01g0710700` - identity=40; qcov=1.09; evalue=1.05e-45; confidence=medium
GO	GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0008970 (glycerophospholipid phospholipase A1 activity)
KEGG	-
Pfam	PF01764 (Lipase_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994588

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057775618.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057775618.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057775618.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775618.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775618.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:48504905`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B43,B98
`Chr7:48504966`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B37,C25
`Chr7:48504991`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr7:48505005`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr7:48505006`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B64,C6
`Chr7:48505034`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr7:48505047`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr7:48505065`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,B107,C28,C83
`Chr7:48505107`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr7:48505109`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	10	B1,B140,B2,B32,B58,B68,B69,B70,C17,C83
`Chr7:48505115`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B24,C82,D7
`Chr7:48505118`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B133,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775618.1

210 aa

105

210

Lipase_3

PF01764 Lipase_3 98-200 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775618.1`	Pfam	`PF01764`	Lipase_3	Domain	98	200	1.3e-16	61.4	Lipase (class 3)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919635.1
GGCAGCAACAACTGGGAAGGCCTACTTGACCCCTTAGACCTCTCCCTCCGCCGCTTCCTCCTCCACTGCGACGCCTACGTCAGGGACGAAAACTCCCCCTACGTCGGCAGCAGCCGCTACGGCGAGAAAACCTTCTTCCGCAAGGTCAAGTTCCCCTCCGCCTCCGCCTACCAGATCTCCTCCTTCCTCTACGCCACCGCCACCCTCGACATCTCCCCCGACATCGAGACCAACTTCATCGGCTACGTCGCCACATCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994588
GGCAGCAACAACTGGGAAGGCCTACTTGACCCCTTAGACCTCTCCCTCCGCCGCTTCCTCCTCCACTGCGACGCCTACGTCAGGGACGAAAACTCCCCCTACGTCGGCAGCAGCCGCTACGGCGAGAAAACCTTCTTCCGCAAGGTCAAGTTCCCCTCCGCCTCCGCCTACCAGATCTCCTCCTTCCTCTACGCCACCGCCACCCTCGACATCTCCCCCGACATCGAGACCAACTTCATCGGCTACGTCGCCACATCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775618.1
GSNNWEGLLDPLDLSLRRFLLHCDAYVRDENSPYVGSSRYGEKTFFRKVKFPSASAYQISSFLYATATLDISPDIETNFIGYVATSTSTIPGRGREIYVAWRGTESTLEWLDDAHIAPVSASAITPGAPGNIMDGWIRIYTSSNPNSQFGKLSARDQLGAQILQLRDQYKDEDLSIVVAGHNLGAALAVLSAFDLVENVVPDIPRHRSTP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器