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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003888

染色体: Chr07 坐标: 48673784-48674143 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003888
名称SmilChr07G003888
描述protein RADIALIS-like 4
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向48673784 - 48674143 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994321
GeneID130994321
locus_tag-
NCBI NameLOC130994321
原始查询SmilChr07G003888

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein RADIALIS-like 4
产物protein RADIALIS-like 4
ArabidopsisAT3G11280 (AT3G11280)
Duplicated homeodomain-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820299]
identity=39.2; qcov=1.01; evalue=2.69e-16; confidence=low
RiceOs04g0676700 (MYB)
-
identity=39.2; qcov=1.01; evalue=3.04e-18; confidence=low
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity)
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994321

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775350.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775350.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775350.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775350.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057775350.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775350.1
119 aa
N
1
60
119
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 29-72 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775350.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 29 72 3.9e-11 43.6 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919367.1
ATGGATACAGATTGGACATTTGACAGCTGCTCCTTGAGGACGGAGGTGGATGATGCTGCATCAAAGGATGCATGCACAAGTTCGAATTGGACAAGGGAGGAGGACAAGGCGTTCGAGAATGCTCTGGCAACCTACTATAATGATGTCGATATGTGGGATAAGATTGCATTGGCAGTTCCTGGAAAAACAATTGAAGATCTAAAACTTCACTATGAAGTCTTGCGTCGTGATGTGGAGGCCATTGAGTCTGGCAAGGTACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994321
ATGGATACAGATTGGACATTTGACAGCTGCTCCTTGAGGACGGAGGTGGATGATGCTGCATCAAAGGATGCATGCACAAGTTCGAATTGGACAAGGGAGGAGGACAAGGCGTTCGAGAATGCTCTGGCAACCTACTATAATGATGTCGATATGTGGGATAAGATTGCATTGGCAGTTCCTGGAAAAACAATTGAAGATCTAAAACTTCACTATGAAGTCTTGCGTCGTGATGTGGAGGCCATTGAGTCTGGCAAGGTACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775350.1
MDTDWTFDSCSLRTEVDDAASKDACTSSNWTREEDKAFENALATYYNDVDMWDKIALAVPGKTIEDLKLHYEVLRRDVEAIESGKVPLSVNLTKASTLKEKKKSEQAQRGDPWTEEEHR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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