当前解析结果
SmilChr07G003901| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003901 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003901 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003901 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 49080249 - 49081581 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994324 |
|---|---|
| GeneID | 130994324 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994324 |
| 原始查询 | SmilChr07G003901 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01107 (MP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994324 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057775353.1 |
| 2 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.20000 | XP_057775353.1 |
| 3 | Autophagic vesicle | Autophagic vesicle | 0.20000 | XP_057775353.1 |
| 4 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057775353.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057775353.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:49080275 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C31,C85 |
Chr7:49080307 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B104 |
Chr7:49080307 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:49080316 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:49080325 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D11 |
Chr7:49080325 |
G |
GA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:49080350 |
GCA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A18,B140,C41 |
Chr7:49080350 |
GCA |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 3 | A18,B140,C41 |
Chr7:49080404 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C31,C85 |
Chr7:49080410 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B101,B3 |
Chr7:49080418 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B46,C20 |
Chr7:49080427 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,B72 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775353.1PF01107
MP 7-118 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775353.1 |
Pfam | PF01107 |
MP | Family | 7 | 118 | 1.9e-20 | 74.0 | Viral movement protein (MP) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。