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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003973

染色体: Chr07 坐标: 50572345-50582265 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003973
名称SmilChr07G003973
描述uncharacterized SmilChr07G003973
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向50572345 - 50582265 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994664
GeneID130994664
locus_tag-
NCBI NameLOC130994664
原始查询SmilChr07G003973

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828401]; symbol=TRM11; hit=AT4G23020; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828401]; symbol=TRM11; hit=AT4G23020; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G23020 (TRM11)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828401]
identity=28.1; qcov=1.08; evalue=7.78e-27; confidence=low
RiceOs03g0118100
-
identity=27.9; qcov=0.606; evalue=2.84e-06; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994664

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775719.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057775719.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057775719.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057775719.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775719.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:50572810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B91
Chr7:50572898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,D6
Chr7:50572924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr7:50572937 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B45,B70
Chr7:50572990 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D8
Chr7:50572990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr7:50573008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,D6
Chr7:50580262 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C42
Chr7:50580283 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C42
Chr7:50580399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C42
Chr7:50580407 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B137,B42,B43
Chr7:50580462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B45,B70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919736.1
AAAAATATCTTTATAGCTAGACTATGTTTTATTTTTAGAAATATAAAAATAATTATTTTAATATATTAACTCATTAAAAAAAGGGGAAAAGCAATTAAGTATCCAAGCTTCTTCTCCGTCTCTCTCCCTGTTATAGACGGCGGTTCCTCTCTCTCTACATTACAAAACCAGGCTCCACGTACCAAACAAAATATCCTCTCCCGGAATTCATACACACACCACACGAGATGTCAAACACTCATCTTCACACCATTTTCACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994664
ATGACTATGGATTCCAAATTGATCAAACACAGCAAGGCGTTTCCGAAACCCTCGCTGCTGAAAGATTACTTGATGGACGACATGAGCTCCTGCTCGTCCAACGGCTTCAAATCGTTCCCGAGAAAGCAATGCTGCCCCAGCACCGTCCGATTCCTCGTCGAGATCGACCTCAACCTCAACCAGCAGAAGAAATATTTCATTAGAAATATCTCAACCAAATCCGCCGCCTCCGCGTTTCACAGATTCATCGCCGCCGTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775719.1
MTMDSKLIKHSKAFPKPSLLKDYLMDDMSSCSSNGFKSFPRKQCCPSTVRFLVEIDLNLNQQKKYFIRNISTKSAASAFHRFIAAVKRLPFGSSPEKKPILPRNLSRKIIRKSIFWKRKSSYKEIQRLKSFDQLMKEDSPPLDVPSDGTAPDAFSTGNSSSHEVKLNFTEVKREEEEDDDDDALENGDVSADSTTGGATKSSTEEKQWSVSEEKEQFSPVSVLDCPFDDDEEISSPFQHMQGSRKPKNERFGCDAAVDPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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