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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003977

染色体: Chr07 坐标: 50696291-50712382 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003977
名称SmilChr07G003977
描述transportin-1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向50696291 - 50712382 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994667
GeneID130994667
locus_tag-
NCBI NameLOC130994667
原始查询SmilChr07G003977

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transportin-1
产物transportin-1
ArabidopsisAT2G16950 (TRN1)
transportin 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816198]
identity=73.8; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0691500
-
identity=73.9; qcov=0.824; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006606 (protein import into nucleus); GO:0008139 (nuclear localization sequence binding); GO:0031267 (small GTPase binding); GO:0061608 (nuclear import signal receptor activity)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03810 (IBN_N); PF13513 (HEAT_EZ); PF23271 (HEAT_GCN1); PF25574 (TPR_IMB1); PF25780 (TPR_IPO5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994667

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775722.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057775722.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057775722.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057775722.1
5 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057775722.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:50696961 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B2,B31
Chr7:50701559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C5,C83
Chr7:50705554 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B30,C16,C33,C37
Chr7:50705575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B91
Chr7:50705617 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr7:50705638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,B82
Chr7:50707421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr7:50709359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B102,B14,C10
Chr7:50709584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C5,C83
Chr7:50710101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr7:50710275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,C29,C70,D2
Chr7:50711189 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775722.1
897 aa
N
1
448
897
IBN_N
TPR_IPO5
HEAT_GCN1
HEAT_EZ
TPR_IMB1
C
PF03810 IBN_N 42-108 aa PF25780 TPR_IPO5 127-270 aa PF23271 HEAT_GCN1 375-528 aa PF13513 HEAT_EZ 411-465 aa PF25574 TPR_IMB1 481-700 aa
XP_057775723.1
897 aa
N
1
448
897
IBN_N
TPR_IPO5
HEAT_GCN1
HEAT_EZ
TPR_IMB1
C
PF03810 IBN_N 42-108 aa PF25780 TPR_IPO5 127-270 aa PF23271 HEAT_GCN1 375-528 aa PF13513 HEAT_EZ 411-465 aa PF25574 TPR_IMB1 481-700 aa
XP_057775724.1
897 aa
N
1
448
897
IBN_N
TPR_IPO5
HEAT_GCN1
HEAT_EZ
TPR_IMB1
C
PF03810 IBN_N 42-108 aa PF25780 TPR_IPO5 127-270 aa PF23271 HEAT_GCN1 375-528 aa PF13513 HEAT_EZ 411-465 aa PF25574 TPR_IMB1 481-700 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775722.1 Pfam PF03810 IBN_N Repeat 42 108 3e-10 40.6 Importin-beta N-terminal domain
XP_057775722.1 Pfam PF25780 TPR_IPO5 Repeat 127 270 1.7e-14 55.2 IPO5-like, TPR repeats
XP_057775722.1 Pfam PF23271 HEAT_GCN1 Repeat 375 528 1.5e-20 74.8 Stalled ribosome sensor GCN1-like, HEAT repeats
XP_057775722.1 Pfam PF13513 HEAT_EZ Repeat 411 465 1.4e-30 105.8 HEAT-like repeat
XP_057775722.1 Pfam PF25574 TPR_IMB1 Repeat 481 700 9.4e-11 41.7 Importin subunit beta-1-like, TPR repeats
XP_057775723.1 Pfam PF03810 IBN_N Repeat 42 108 3e-10 40.6 Importin-beta N-terminal domain
XP_057775723.1 Pfam PF25780 TPR_IPO5 Repeat 127 270 1.7e-14 55.2 IPO5-like, TPR repeats
XP_057775723.1 Pfam PF23271 HEAT_GCN1 Repeat 375 528 1.5e-20 74.8 Stalled ribosome sensor GCN1-like, HEAT repeats
XP_057775723.1 Pfam PF13513 HEAT_EZ Repeat 411 465 1.4e-30 105.8 HEAT-like repeat
XP_057775723.1 Pfam PF25574 TPR_IMB1 Repeat 481 700 9.4e-11 41.7 Importin subunit beta-1-like, TPR repeats
XP_057775724.1 Pfam PF03810 IBN_N Repeat 42 108 3e-10 40.6 Importin-beta N-terminal domain
XP_057775724.1 Pfam PF25780 TPR_IPO5 Repeat 127 270 1.7e-14 55.2 IPO5-like, TPR repeats
XP_057775724.1 Pfam PF23271 HEAT_GCN1 Repeat 375 528 1.5e-20 74.8 Stalled ribosome sensor GCN1-like, HEAT repeats
XP_057775724.1 Pfam PF13513 HEAT_EZ Repeat 411 465 1.4e-30 105.8 HEAT-like repeat
XP_057775724.1 Pfam PF25574 TPR_IMB1 Repeat 481 700 9.4e-11 41.7 Importin subunit beta-1-like, TPR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919741.1
CCCTTTCAAATTTACCTAAGCAACTCCCTTATTGGCTCTCCCCCACAGCATAGGCAACACCCGCCCGCATCGGATCCCGCCTCTTCAAAGCCCGAAAAAACCCAAATCTTTCTCTGTAAAATTTCAGTCTTCTTCTTCTTCTTCCCCGGAACAGAGCCTTCAAATTCATCGTTGGTTCTGCTTCTCTTCTTTCTCTCTCTAGCTTCGTGTCCAAACATCGCGTCGATCACTTTTTTTCAGTTTTTAATTCCTTTTTATTT...
XM_057919740.1
CCCTTTCAAATTTACCTAAGCAACTCCCTTATTGGCTCTCCCCCACAGCATAGGCAACACCCGCCCGCATCGGATCCCGCCTCTTCAAAGCCCGAAAAAACCCAAATCTTTCTCTGTAAAATTTCAGTCTTCTTCTTCTTCTTCCCCGGAACAGAGCCTTCAAATTCATCGTTGGTTCTGCTTCTCTTCTTTCTCTCTCTAGCTTCGTGTCCAAACATCGCGTCGATCACTTTTTTTCAGTTTTTAATTCCTTTTTATTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130994667
ATGACGTCCGGTGGCGGCGGTGGCGAAGTGGCGGCGTGGGTGCCGCAGGAGGACGGACTGAGGGAGATCTGTGGGCTTCTAGAGCAGCAGATGGCTCCCACCGCCGATGACAAGTCGATGGTTTGGCAGAAGCTGGAGCACTACTCTCAGTTCCCCGATTTCAATAATTATCTCGCCTTCATTTTCGCGCGAGCGGAGGGGATCTCAGTTGAAGTTAGGCAAGCAGCAGGCCTGCTGCTGAAAAACAACCTTAGAAGTGC...
LOC130994667
ATGACGTCCGGTGGCGGCGGTGGCGAAGTGGCGGCGTGGGTGCCGCAGGAGGACGGACTGAGGGAGATCTGTGGGCTTCTAGAGCAGCAGATGGCTCCCACCGCCGATGACAAGTCGATGGTTTGGCAGAAGCTGGAGCACTACTCTCAGTTCCCCGATTTCAATAATTATCTCGCCTTCATTTTCGCGCGAGCGGAGGGGATCTCAGTTGAAGTTAGGCAAGCAGCAGGCCTGCTGCTGAAAAACAACCTTAGAAGTGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057775722.1
MTSGGGGGEVAAWVPQEDGLREICGLLEQQMAPTADDKSMVWQKLEHYSQFPDFNNYLAFIFARAEGISVEVRQAAGLLLKNNLRSALKTMPLSNQRYIKMELLPCVGAADKQIRSTAGTIISTFVQIGGVAEWPELLHALVKCLDSNDVNHMEGAMDALSKICEDVPQVLDSDISGLSERPINAFVPRFLQLFQSPHATLRKLALGSVNQYVMLMPTVLYVSMDKYLQGLFLLANDPTSEVRKLVCAAFVQLIEVRSAV...
XP_057775723.1
MTSGGGGGEVAAWVPQEDGLREICGLLEQQMAPTADDKSMVWQKLEHYSQFPDFNNYLAFIFARAEGISVEVRQAAGLLLKNNLRSALKTMPLSNQRYIKMELLPCVGAADKQIRSTAGTIISTFVQIGGVAEWPELLHALVKCLDSNDVNHMEGAMDALSKICEDVPQVLDSDISGLSERPINAFVPRFLQLFQSPHATLRKLALGSVNQYVMLMPTVLYVSMDKYLQGLFLLANDPTSEVRKLVCAAFVQLIEVRSAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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