Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004001`

染色体: Chr07 坐标: 51078017-51079980 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004001`
名称	SmilChr07G004001
描述	60S ribosomal protein L24-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	51078017 - 51079980 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994351`
GeneID	`130994351`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994351`
原始查询	`SmilChr07G004001`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L24-like
产物	60S ribosomal protein L24-like
Arabidopsis	`AT2G36620` (RPL24A) ribosomal protein L24 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818234] identity=84.7; qcov=0.636; evalue=8.82e-83; confidence=high
Rice	`Os05g0486700` - identity=86.2; qcov=0.615; evalue=1.59e-79; confidence=high
GO	GO:0002181 (cytoplasmic translation); GO:0003729 (mRNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01246 (Ribosomal_L24e)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994351

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057775381.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057775381.1`
3	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057775381.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057775381.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775381.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:51078253`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20
`Chr7:51078256`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B51
`Chr7:51078355`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B89
`Chr7:51078530`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C18,C37
`Chr7:51078612`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B132
`Chr7:51078612`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B132
`Chr7:51078637`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B32,B79,C18,C86
`Chr7:51079603`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	A22,B110,B47,B61,C50,C52,C9,D3
`Chr7:51079752`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	24	A24,B112,B124,B127,B132,B25,B28,B46,B6,B63,B68,B71,B80,B83,B98,C16,C35,C44,C46,C48,C56,C63,C71,C77
`Chr7:51079944`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775381.1

247 aa

124

247

Ribosomal_L24e

PF01246 Ribosomal_L24e 87-150 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775381.1`	Pfam	`PF01246`	Ribosomal_L24e	Domain	87	150	5.2e-28	97.8	Ribosomal protein L24e

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919398.1
ATGAATTTCCATATGCATGCGAATGCTGGCCTAGCAGTAAAATTATTGGGCTTGCGAAGCGTCGTTAATAAAAGTGTGAGGAAATATGAAACTGGGTATGTAAACACTAGGCCTTGTTTTATTGATAAAAGAAAAACCCTAGGCCCATTTCTGCAACGCCTTATATTGCTGTGTTTGGGCGTTAGGGTTTCTGTCATTTCTGCAACTCCAGAAAATCACCTCCCGCGCCGAGCTCTTCAATATTCTGCAGCCATGGTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994351
ATGAATTTCCATATGCATGCGAATGCTGGCCTAGCAGTAAAATTATTGGGCTTGCGAAGCGTCGTTAATAAAAGTGTGAGGAAATATGAAACTGGGTATGTAAACACTAGGCCTTGTTTTATTGATAAAAGAAAAACCCTAGGCCCATTTCTGCAACGCCTTATATTGCTGTGTTTGGGCGTTAGGGTTTCTGTCATTTCTGCAACTCCAGAAAATCACCTCCCGCGCCGAGCTCTTCAATATTCTGCAGCCATGGTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775381.1
MNFHMHANAGLAVKLLGLRSVVNKSVRKYETGYVNTRPCFIDKRKTLGPFLQRLILLCLGVRVSVISATPENHLPRRALQYSAAMVLKTELCRFSGAKIYPGRGIRFIRSDSQVFLFVNSKCKRYFHNRLRPAKLTWTAMYRKQHKKDVAAEAVKKRRRTNKKPYSRSIVGATLEVIQKKRAEKPEVRDAAREAALREIKERIKKTKDEKKAKKAEVMSKQKTSGKANVPKGAAPKGPKIGGGGGKR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器