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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004013

染色体: Chr07 坐标: 51209464-51210036 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004013
名称SmilChr07G004013
描述putative disease resistance protein At3g14460
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向51209464 - 51210036 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994355
GeneID130994355
locus_tag-
NCBI NameLOC130994355
原始查询SmilChr07G004013

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative disease resistance protein At3g14460
产物putative disease resistance protein At3g14460
ArabidopsisAT3G14470 (AT3G14470)
NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820670]
identity=27.6; qcov=0.858; evalue=7.48e-09; confidence=low
RiceOs07g0521500
-
identity=32.6; qcov=0.774; evalue=5.35e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF25019 (LRR_R13L1-DRL21)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994355

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775386.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057775386.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057775386.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775386.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775386.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:51209477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr7:51209483 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 2 A20,C59
Chr7:51209483 AT A 1bp_deletion CDS_variant 2 A20,C59
Chr7:51209486 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 C19
Chr7:51209486 A AAT 2bp_insertion CDS_variant 1 C19
Chr7:51209487 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C60,C66
Chr7:51209562 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 3 B7,B90,C53
Chr7:51209562 CCA C 2bp_deletion CDS_variant 3 B7,B90,C53
Chr7:51209572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B36,B96,C30,D10
Chr7:51209582 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 22 A22,A23,A8,B123,B139,B20,B35,B46,B86,B93,B96,C25,C27,C30,C32,C33,C53,C59,C62,C82,C87,C9
Chr7:51209597 AGC A 2bp_deletion frameshift_variant 20 A22,A23,B123,B139,B20,B39,B46,B49,B86,B93,B96,C25,C27,C30,C32,C33,C59,C82,C87,C9
Chr7:51209624 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,B96,C30,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775386.1
190 aa
N
1
95
190
LRR_R13L1-DRL21
C
PF25019 LRR_R13L1-DRL21 16-150 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775386.1 Pfam PF25019 LRR_R13L1-DRL21 Repeat 16 150 6.2e-21 75.3 R13L1/DRL21 LRRs

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919403.1
ATGGCATTGGATTCGTTCCATGTGGAAAGTGGTTGCAATAAGTTGGGATTGTTGAAAAAATTAAACCGTCTTACTGGATCTCTATCATTGAATATCTACTTGAATCGTAGCAGTGATTTAAAGGAGTTGGTTGAGGATGCTCGAGAAGTAGAATTAAAGAACAAGATACACGTTCAAGCACTCTTTATAATATTCGAGGATTTGATAGATGAGAAGGAGCGGTCGTCATCAACACTATCATTCTGGATGGACGTAATAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994355
ATGGCATTGGATTCGTTCCATGTGGAAAGTGGTTGCAATAAGTTGGGATTGTTGAAAAAATTAAACCGTCTTACTGGATCTCTATCATTGAATATCTACTTGAATCGTAGCAGTGATTTAAAGGAGTTGGTTGAGGATGCTCGAGAAGTAGAATTAAAGAACAAGATACACGTTCAAGCACTCTTTATAATATTCGAGGATTTGATAGATGAGAAGGAGCGGTCGTCATCAACACTATCATTCTGGATGGACGTAATAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775386.1
MALDSFHVESGCNKLGLLKKLNRLTGSLSLNIYLNRSSDLKELVEDAREVELKNKIHVQALFIIFEDLIDEKERSSSTLSFWMDVIKALEPYQELKELTIVGYMGSTLPYWISSPLNFVKDIKLIGSSEVHSLPAMGRLPFLELLMLENMCQLKVVGMEFLGIESSSSSSTSDVVVAFPKLRKLILPPSQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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