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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004014

染色体: Chr07 坐标: 51219488-51220494 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004014
名称SmilChr07G004014
描述uncharacterized SmilChr07G004014
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向51219488 - 51220494 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994358
GeneID130994358
locus_tag-
NCBI NameLOC130994358
原始查询SmilChr07G004014

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=43.8; qcov=0.259; evalue=1.05e-16; confidence=weak
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994358

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775387.1
2 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057775387.1
3 Telomere 端粒 0.40000 XP_057775387.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057775387.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775387.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:51219492 T TGC 2bp_insertion frameshift_variant 5 B54,B89,C1,C10,C6
Chr7:51219492 T TGC 2bp_insertion CDS_variant 5 B54,B89,C1,C10,C6
Chr7:51219494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,C37
Chr7:51219515 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B21,B7,C4
Chr7:51219556 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B127,B130,B67,C16,C46,C57
Chr7:51219559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C37
Chr7:51219573 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B92,C43
Chr7:51219590 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 12 A19,B135,B139,B15,B18,B35,B40,B78,C15,C18,C61,C62
Chr7:51219597 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B33,C73
Chr7:51219597 AG A 1bp_deletion CDS_variant 2 B33,C73
Chr7:51219605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B91,C20,C43,C45,D2
Chr7:51219696 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919404.1
ATGGGAATGAGGAAATTCCAAACGATGTTCAACACTATACACATAGACGAGAAGTGGTTTTACCTAACCAAAACTAAGGATAGGTATTACCTTTTGCCGGATGAGAAGGAACCTTATAGAACTTGCAAAAGTAAGAGATTTATTAACAAAATCATGTTTCTATCTGCAATTGCACGCCCAATCATAGATGAACAGGGGAATGTGCTTTTTGATGGAAAATTGGGCATCTTTCCATTCACAAATGTAGAGGAAGCAAAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994358
ATGGGAATGAGGAAATTCCAAACGATGTTCAACACTATACACATAGACGAGAAGTGGTTTTACCTAACCAAAACTAAGGATAGGTATTACCTTTTGCCGGATGAGAAGGAACCTTATAGAACTTGCAAAAGTAAGAGATTTATTAACAAAATCATGTTTCTATCTGCAATTGCACGCCCAATCATAGATGAACAGGGGAATGTGCTTTTTGATGGAAAATTGGGCATCTTTCCATTCACAAATGTAGAGGAAGCAAAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775387.1
MGMRKFQTMFNTIHIDEKWFYLTKTKDRYYLLPDEKEPYRTCKSKRFINKIMFLSAIARPIIDEQGNVLFDGKLGIFPFTNVEEAKRNSKNRAKGTMEVKPIPNITKNIMRDCMIAKMLPVFKAKWPAFSSKHIFIQQDNAKPHIKPDDLEFLAVARSDGFNFQLVCQPANSPDTNVNDLGFFRAIQTLKDQKPAKDVVELLKNVHEAYLEYPPQKINHVFLTLQGCYHEILKAKGDNNYTIPHMNKERLERAGILPETL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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