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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004015

染色体: Chr07 坐标: 51224886-51226869 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004015
名称SmilChr07G004015
描述uncharacterized SmilChr07G004015
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向51224886 - 51226869 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994699
GeneID130994699
locus_tag-
NCBI NameLOC130994699
原始查询SmilChr07G004015

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818546]; symbol=AT2G39630; hit=AT2G39630; species=arabidopsis; confidence=weak
产物Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818546]; symbol=AT2G39630; hit=AT2G39630; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT2G39630 (AT2G39630)
Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818546]
identity=71.4; qcov=0.28; evalue=1.68e-11; confidence=weak
RiceOs03g0821800
-
identity=77.8; qcov=0.288; evalue=3.05e-11; confidence=weak
GOGO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994699

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057775752.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057775752.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057775753.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775752.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775752.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:51225531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr7:51225539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B127,B61,C12
Chr7:51225615 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B76,C45,C80
Chr7:51225666 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 81 A11,A13,A14,A2,A23,A24,A3,A4,A5,A8,B1,B10,B101,B106,B108,B109,B113,B115,B12,B121,B127,B128,B132,B135,B138,B15,B17,B27,B28,B29,B31,B37,B4,B41,B47,B51,B55,B56,B64,B69,B71,B74,B75,B76,B8,B81,B84,B86,B93,B98,B99,C14,C2,C20,C25,C26,C29,C30,C32,C33,C36,C38,C39,C45,C47,C48,C51,C59,C60,C62,C67,C68,C71,C75,C78,C80,C85,C9,D5,D6,D9
Chr7:51225693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B11,B99,C25
Chr7:51225717 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B41,B53,C57
Chr7:51225734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B103,C28
Chr7:51225735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:51225973 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 5 A7,B17,B24,B53,C79
Chr7:51225973 AC A 1bp_deletion CDS_variant 5 A7,B17,B24,B53,C79
Chr7:51226003 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B100,D10
Chr7:51226003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919769.1
ATCTATCAATTCTATAAAGCAATACATATTGCAGCCTCCATAGTGATTCTCTCTCCTACATGGCACTCCCACAATCCTTTATTTCATATTATCTCAAATGTTTTTTCCTCACACCTAGCTTCAGCCTTCACATCTTTTTTCCCACAAATTTTACACAGCCACGCTTCAGCCGTTACTTCTCTCAAATTAGAGAGGTGCTTCATCCATGGCTGCAACAAATTTGGGAGGTGCTTCATCAATGGCTGCACCCCACGCTACAA...
XM_057919770.1
ATCTATCAATTCTATAAAGCAATACATATTGCAGCCTCCATAGTGATTCTCTCTCCTACATGGCACTCCCACAATCCTTTATTTCATATTATCTCAAATGTTTTTTCCTCACACCTAGCTTCAGCCTTCACATCTTTTTTCCCACAAATTTTACACAGCCACGCTTCAGCCGTTACTTCTCTCAAATTAGAGAGGTGCTTCATCCATGGCTGCAACAAATTTGGGAGGTGCTTCATCAATGGCTGCACCCCACGCTACAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130994699
ATGGCCGTCGCCGCTTCGACACCCTCTATCTCCAGTAGAACAGTAATAGATTGCCGCCACTGTCGCTGCCCTCTATTCTTCTCCGTTCTCGACCGACTAGAAGCGAAAGAGCCACCGCCGCCATTTGCCACCTTCATTCCCCCTCCCACCCTCCCCGCAGATCTGCCCCTCCCACCACCAGAAAACCAGAAATCGCTCTATCATCTCCCTTCCCCCACATGCACCACAAATCGAATATTTTTTGCTTCCTTTCAGCTACA...
LOC130994699
ATGGCCGTCGCCGCTTCGACACCCTCTATCTCCAGTAGAACAGTAATAGATTGCCGCCACTGTCGCTGCCCTCTATTCTTCTCCGTTCTCGACCGACTAGAAGCGAAAGAGCCACCGCCGCCATTTGCCACCTTCATTCCCCCTCCCACCCTCCCCGCAGATCTGCCCCTCCCACCACCAGAAAACCAGAAATCGCTCTATCATCTCCCTTCCCCCACATGCACCACAAATCGAATATTTTTTGCTTCCTTTCAGCTACA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057775752.1
MAVAASTPSISSRTVIDCRHCRCPLFFSVLDRLEAKEPPPPFATFIPPPTLPADLPLPPPENQKSLYHLPSPTCTTNRIFFASFQLQLQVSDLLESRLNCLTLWCYCQFEKSVYRSYMTIAPEFMLVHSINYEIDDLCFIG
XP_057775753.1
MAVAASTPSISSRTVIDCRHCRCPLFFSVLDRLEAKEPPPPFATFIPPPTLPADLPLPPPENQKSLYHLPSPTCTTNRIFFASFQLQLQVPSPHIVDPAEKYISLIIPAYNEEHRIPGALDETLK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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