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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004016

染色体: Chr07 坐标: 51240397-51241537 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004016
名称SmilChr07G004016
描述protein P21-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向51240397 - 51241537 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994700
GeneID130994700
locus_tag-
NCBI NameLOC130994700
原始查询SmilChr07G004016

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein P21-like
产物protein P21-like
ArabidopsisAT4G11650 (OSM34)
osmotin 34 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826770]
identity=55.7; qcov=0.991; evalue=3.58e-88; confidence=high
RiceOs03g0661600 (OsPR5)
-
identity=50.9; qcov=1; evalue=5.75e-80; confidence=high
GOGO:0005576 (extracellular region); GO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00314 (Thaumatin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994700

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057775754.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057775754.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057775754.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775754.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775754.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:51240905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B16,B45,D9
Chr7:51240963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B131,B76,C25,C57
Chr7:51241001 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B133,B45
Chr7:51241045 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 C64,C66
Chr7:51241045 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 C64,C66
Chr7:51241070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr7:51241103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,C31
Chr7:51241117 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B29
Chr7:51241117 CCG C 2bp_deletion CDS_variant 1 B29
Chr7:51241145 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B36,B37,C5
Chr7:51241151 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,B97,C63
Chr7:51241172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775754.1
223 aa
N
1
112
223
Thaumatin
C
PF00314 Thaumatin 28-223 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775754.1 Pfam PF00314 Thaumatin Domain 28 223 2.7e-54 184.7 Thaumatin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919771.1
CGCAACAACAAAATACAAGAAACCTCCACACTTTTCTAAATCTTGACTCTTCCTTTCCTAAAAAAATAAATAGAAACAGTAACAAAAAGAAAATATTGACTCTTCCACTTTACAAATCTAAATCAACCACCATCGAATCGAATGCACACAATAGTCAAATCATTTGAAAAAATGTTGCAATTAGAATTAAATTTCACCACGCAATCTCTCCTCCTTATATACACATGTACACCTAATCCCATTTCCACAATAAACCAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994700
ATGATGAAGCACCTCTCCGCCGTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCACCGCTCCGACGCCATCCGCTTCGACATCCAGAACAACTGCTCCTACACCCTGTGGCCCGCCGTCCTCCCCCACGTCGGCGGCCGCCGCCTCGACAGCGGCCAGACCTGGACCCTCGACTTCCAAACCGGCCCCAACCTCGCCAAGATCTGGGCCCGCACCAACTGCACCTTCGACTCCGCCGGCCAGGGCTCCTGCCTCACCGGCGACTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775754.1
MMKHLSAVLLLLLFLLHRSDAIRFDIQNNCSYTLWPAVLPHVGGRRLDSGQTWTLDFQTGPNLAKIWARTNCTFDSAGQGSCLTGDCGGRLNCTAYGAPPHTKAEYGLNSFARKDYYDISVMDGFNVPVEMAPTTNNCTRSVRCAADVVGGCPDDLKAPGGCQNPCSVYKTTEYCCHAGACRPTDKSRFFKALCREAFTYPEDDPTSTFTCPAGTNYRVVFCP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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