当前解析结果
SmilChr07G004016| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004016 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004016 |
| 描述 | protein P21-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 51240397 - 51241537 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994700 |
|---|---|
| GeneID | 130994700 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994700 |
| 原始查询 | SmilChr07G004016 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein P21-like |
| 产物 | protein P21-like |
| Arabidopsis | AT4G11650 (OSM34)osmotin 34 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826770] identity=55.7; qcov=0.991; evalue=3.58e-88; confidence=high |
| Rice | Os03g0661600 (OsPR5)- identity=50.9; qcov=1; evalue=5.75e-80; confidence=high |
| GO | GO:0005576 (extracellular region); GO:0006952 (defense response) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00314 (Thaumatin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994700 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057775754.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057775754.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057775754.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057775754.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775754.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:51240905 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B133,B16,B45,D9 |
Chr7:51240963 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B122,B131,B76,C25,C57 |
Chr7:51241001 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A24,B133,B45 |
Chr7:51241045 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | C64,C66 |
Chr7:51241045 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | C64,C66 |
Chr7:51241070 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr7:51241103 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C2,C31 |
Chr7:51241117 |
CCG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B29 |
Chr7:51241117 |
CCG |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B29 |
Chr7:51241145 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B108,B36,B37,C5 |
Chr7:51241151 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B91,B97,C63 |
Chr7:51241172 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775754.1PF00314
Thaumatin 28-223 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775754.1 |
Pfam | PF00314 |
Thaumatin | Domain | 28 | 223 | 2.7e-54 | 184.7 | Thaumatin family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。