当前解析结果
SmilChr07G004024| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004024 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004024 |
| 描述 | dehydration-responsive element-binding protein 1B-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 51342093 - 51342940 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994708 |
|---|---|
| GeneID | 130994708 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994708 |
| 原始查询 | SmilChr07G004024 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dehydration-responsive element-binding protein 1B-like |
| 产物 | dehydration-responsive element-binding protein 1B-like |
| Arabidopsis | AT4G25470 (CBF2)C-repeat/DRE binding factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828651] identity=57.1; qcov=1.05; evalue=9.15e-76; confidence=high |
| Rice | Os04g0572400 (OsDREB1E)- identity=48.7; qcov=0.955; evalue=3.49e-48; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00847 (AP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994708 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057775765.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775765.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775765.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057775765.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057775765.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:51342242 |
A |
AAC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 95 | A10,A11,A23,A24,A4,A5,A9,B10,B102,B104,B105,B109,B110,B111,B113,B12,B120,B126,B129,B131,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B22,B26,B30,B40,B44,B50,B51,B53,B55,B56,B66,B7,B70,B75,B82,B83,B89,B9,B90,B92,B95,B96,B97,B98,C1,C10,C13,C14,C17,C18,C2,C21,C25,C28,C29,C31,C33,C34,C35,C36,C39,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C49,C54,C55,C56,C57,C59,C6,C60,C62,C64,C65,C7,C72,C76,C79,C82,C83,C87,D1,D4,D9 |
Chr7:51342388 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B12,B55 |
Chr7:51342526 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C64 |
Chr7:51342548 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C23,C75 |
Chr7:51342555 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | C23,C75 |
Chr7:51342555 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | C23,C75 |
Chr7:51342562 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | C23,C75 |
Chr7:51342562 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | C23,C75 |
Chr7:51342616 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775765.1PF00847
AP2 56-106 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775765.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 56 | 106 | 2.3e-15 | 57.3 | AP2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。