Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004026`

染色体: Chr07 坐标: 51375105-51377507 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004026`
名称	SmilChr07G004026
描述	glutathione S-transferase T1
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	51375105 - 51377507 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994712`
GeneID	`130994712`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994712`
原始查询	`SmilChr07G004026`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glutathione S-transferase T1
产物	glutathione S-transferase T1
Arabidopsis	`AT5G41210` (GSTT1) glutathione S-transferase THETA 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834123] identity=72.73; qcov=0.971; evalue=1.4e-129; confidence=high
Rice	`Os11g0588300` (OsGSTT1) - identity=66.38; qcov=0.987; evalue=2.18e-118; confidence=high
GO	-
KEGG	smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13410 (GST_C_2); PF13417 (GST_N_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994712

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057775768.1`
2	Peroxisome	过氧化物酶体	0.60000	`XP_057775768.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057775768.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:51376222`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr7:51376233`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr7:51376719`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20
`Chr7:51376781`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775768.1

238 aa

119

238

GST_N

GST_N_3

GST_N_2

GST_C_2

PF02798 GST_N 1-75 aa PF13417 GST_N_3 6-80 aa PF13409 GST_N_2 14-75 aa PF13410 GST_C_2 131-202 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775768.1`	Pfam	`PF02798`	GST_N	Domain	1	75	4.1e-14	53.4	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057775768.1`	Pfam	`PF13417`	GST_N_3	Domain	6	80	9.8e-09	36.1	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057775768.1`	Pfam	`PF13409`	GST_N_2	Domain	14	75	3.8e-07	31.3	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057775768.1`	Pfam	`PF13410`	GST_C_2	Domain	131	202	1.8e-06	28.7	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919785.1
AGAGAGAGAGAGAGAAGGGAGGAAGAGCGAGAAAATGACGCTGACAGTGTATGCAGATCGCATGTCGCAACCTTCCCGCGCAATTATCATTTTCTGCAAAGTAAATGGGATAGATTTTGAAGAAGTGAGAATCGACCTCGCCAAACGCCAGCAGTTATCTCCTGAATTTCAAGAAATAAATTCCATGAAGAAAGTGCCTGCTATAGTTGATGGGAGATTCAAGCTTTTTGAGAGCCATGCGATTCTGATATATTTGGCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080393.1_cds_XP_057775768.1_39306
ATGACGCTGACAGTGTATGCAGATCGCATGTCGCAACCTTCCCGCGCAATTATCATTTTCTGCAAAGTAAATGGGATAGATTTTGAAGAAGTGAGAATCGACCTCGCCAAACGCCAGCAGTTATCTCCTGAATTTCAAGAAATAAATTCCATGAAGAAAGTGCCTGCTATAGTTGATGGGAGATTCAAGCTTTTTGAGAGCCATGCGATTCTGATATATTTGGCTTGTGTATTTCCTGGAGTTGCTGATCATTGGTATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775768.1
MTLTVYADRMSQPSRAIIIFCKVNGIDFEEVRIDLAKRQQLSPEFQEINSMKKVPAIVDGRFKLFESHAILIYLACVFPGVADHWYPADLFQRARVHSVLDWHHSNLRSGAAGYVLNSTLGPALGLPLNPEAAAQSEKLLLASLRKIESFWLKGRGRFLLGSSQPSIADLSLVCEIMQLELVDEKDRERILGPHKRVMKWIDDTKNATRPHFDEVHSVLFKVKEKLQSTRQNVLPSKM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器