当前解析结果
SmilChr07G004034| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004034 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004034 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G004034 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 51512828 - 51515717 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994363 |
|---|---|
| GeneID | 130994363 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994363 |
| 原始查询 | SmilChr07G004034 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF29561 (DUF8566) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994363 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057775391.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775391.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775391.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057775391.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057775391.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:51512977 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 138 | A1,A10,A11,A2,A21,A24,A5,A7,B1,B101,B102,B104,B105,B106,B108,B109,B11,B112,B114,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B129,B13,B132,B133,B134,B135,B14,B16,B17,B18,B2,B20,B21,B22,B23,B25,B26,B29,B30,B31,B33,B36,B37,B40,B46,B48,B49,B51,B53,B55,B56,B58,B6,B60,B61,B62,B64,B67,B68,B69,B7,B71,B72,B74,B76,B8,B80,B82,B83,B86,B87,B88,B90,B93,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C16,C18,C2,C23,C24,C25,C26,C27,C3,C31,C32,C33,C34,C37,C38,C39,C4,C40,C43,C45,C46,C47,C48,C50,C51,C53,C57,C58,C59,C62,C63,C65,C68,C69,C72,C73,C76,C77,C78,C82,C84,C86,C87,D10,D11,D5,D7,D8 |
Chr7:51513008 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B93,C32,C68 |
Chr7:51513040 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:51513078 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr7:51513079 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B137,B42,B43 |
Chr7:51513083 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A15 |
Chr7:51513085 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B119,B122,B81,C13 |
Chr7:51513088 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B2,B25,B99,C39 |
Chr7:51513095 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B61,B64,C63 |
Chr7:51513124 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B43 |
Chr7:51513143 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | A25,B103,B139,B72,B86,C7,C77 |
Chr7:51513175 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B105,B23,C12,C47,C84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775391.1PF29561
DUF8566 176-360 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775391.1 |
Pfam | PF29561 |
DUF8566 | Domain | 176 | 360 | 2.3e-44 | 152.3 | Domain of unknown function (DUF8566) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。