Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004034

染色体: Chr07 坐标: 51512828-51515717 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004034
名称SmilChr07G004034
描述uncharacterized SmilChr07G004034
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向51512828 - 51515717 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994363
GeneID130994363
locus_tag-
NCBI NameLOC130994363
原始查询SmilChr07G004034

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF29561 (DUF8566)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994363

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775391.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775391.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775391.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775391.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057775391.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:51512977 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 138 A1,A10,A11,A2,A21,A24,A5,A7,B1,B101,B102,B104,B105,B106,B108,B109,B11,B112,B114,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B129,B13,B132,B133,B134,B135,B14,B16,B17,B18,B2,B20,B21,B22,B23,B25,B26,B29,B30,B31,B33,B36,B37,B40,B46,B48,B49,B51,B53,B55,B56,B58,B6,B60,B61,B62,B64,B67,B68,B69,B7,B71,B72,B74,B76,B8,B80,B82,B83,B86,B87,B88,B90,B93,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C16,C18,C2,C23,C24,C25,C26,C27,C3,C31,C32,C33,C34,C37,C38,C39,C4,C40,C43,C45,C46,C47,C48,C50,C51,C53,C57,C58,C59,C62,C63,C65,C68,C69,C72,C73,C76,C77,C78,C82,C84,C86,C87,D10,D11,D5,D7,D8
Chr7:51513008 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B93,C32,C68
Chr7:51513040 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:51513078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr7:51513079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B42,B43
Chr7:51513083 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr7:51513085 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,B122,B81,C13
Chr7:51513088 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B25,B99,C39
Chr7:51513095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B61,B64,C63
Chr7:51513124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B43
Chr7:51513143 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A25,B103,B139,B72,B86,C7,C77
Chr7:51513175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B23,C12,C47,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775391.1
362 aa
N
1
181
362
DUF8566
C
PF29561 DUF8566 176-360 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775391.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 176 360 2.3e-44 152.3 Domain of unknown function (DUF8566)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919408.1
ATGAACATTTTCACAGGTAAGGATCCACGCAAAGAATGGACGAAATCAGATAAGGAAATAGAGATAGAATGCGAAATTTTAGATCTGGAAGAAAAAGAACATGATACGATTGATCCGGTAGAAAAGGAAAAGGGGACGGAACATGAAGCACCCAACAAAAAGTCACATGGATGCACCAAGGTGTTAGATAAAGGAATTGAGAGTGAACAACAAGTACCAAGTGGAAAAGAAGACGAATCAAGCAAGGTGGTAAAAAAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994363
ATGAACATTTTCACAGGTAAGGATCCACGCAAAGAATGGACGAAATCAGATAAGGAAATAGAGATAGAATGCGAAATTTTAGATCTGGAAGAAAAAGAACATGATACGATTGATCCGGTAGAAAAGGAAAAGGGGACGGAACATGAAGCACCCAACAAAAAGTCACATGGATGCACCAAGGTGTTAGATAAAGGAATTGAGAGTGAACAACAAGTACCAAGTGGAAAAGAAGACGAATCAAGCAAGGTGGTAAAAAAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775391.1
MNIFTGKDPRKEWTKSDKEIEIECEILDLEEKEHDTIDPVEKEKGTEHEAPNKKSHGCTKVLDKGIESEQQVPSGKEDESSKVVKKRKVKKRQVEPCIRTRGAKRPRLSFKEKITKSEGVKIKAEGPSIKVEDRKRKTYRSTGKKIVSHGVDPESENVRADGEEKYGPDDFISIHTRSTTSAFHDSIRRLNHAQCAAVRDMGFGHLLQLRVKGIPSKLAYWVIDHFDSDKSDFKLMLQHRVKVTEEDIFKIYGFPRGPEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器