Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004045`

染色体: Chr07 坐标: 51774314-51775450 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004045`
名称	SmilChr07G004045
描述	uncharacterized SmilChr07G004045
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	51774314 - 51775450 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994366`
GeneID	`130994366`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994366`
原始查询	`SmilChr07G004045`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108]; symbol=AT3G09510; hit=AT3G09510; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108]; symbol=AT3G09510; hit=AT3G09510; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G09510` (AT3G09510) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820108] identity=27.6; qcov=0.921; evalue=5.84e-29; confidence=low
Rice	`Os01g0967700` - identity=26.9; qcov=0.807; evalue=8.54e-13; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994366

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057775394.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057775394.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057775394.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775394.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775394.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:51774322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr7:51774360`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr7:51774466`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B11
`Chr7:51774522`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,B65
`Chr7:51774618`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:51774637`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,B71
`Chr7:51774641`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84
`Chr7:51774652`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84
`Chr7:51774667`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A4,B13
`Chr7:51774667`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,B13
`Chr7:51774750`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr7:51774775`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C77,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775394.1

378 aa

189

378

zf-RVT

RVT_3

PF13966 zf-RVT 40-134 aa PF13456 RVT_3 233-352 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775394.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	40	134	3e-15	57.4	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057775394.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	233	352	1.2e-23	84.1	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919411.1
ATGGAGAGGTTAGCCACGATTACTCAGCCGACTGTTCTTTGGAAAATGGCTACTAGCATTTTACCTGCTGCTGATCGTATGGACACCCCTATTTGGCCTCGGGACAACTTTAATTCTTATACGGTCAAATCGGGATACCTTCTGGCTTGCTCTTCTCGACAGCGCAACGAGGCCTCGTCTTCGTCATTGTCTTCTTCCCCTTTATGGAAGTGGATTTGGAGTTTGGATGTCATCCCGAAAGTGAAACACTTCATGTGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994366
ATGGAGAGGTTAGCCACGATTACTCAGCCGACTGTTCTTTGGAAAATGGCTACTAGCATTTTACCTGCTGCTGATCGTATGGACACCCCTATTTGGCCTCGGGACAACTTTAATTCTTATACGGTCAAATCGGGATACCTTCTGGCTTGCTCTTCTCGACAGCGCAACGAGGCCTCGTCTTCGTCATTGTCTTCTTCCCCTTTATGGAAGTGGATTTGGAGTTTGGATGTCATCCCGAAAGTGAAACACTTCATGTGGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775394.1
MERLATITQPTVLWKMATSILPAADRMDTPIWPRDNFNSYTVKSGYLLACSSRQRNEASSSSLSSSPLWKWIWSLDVIPKVKHFMWRCVTGALPSTKALIHRSIDVDPLCRRCGLTMETPEHALRDCVWVSSLWEMSPLRLQPLPSDDICPIASWFDRIRQNPVKEVHTLFASIAWACWYSRNLLIFQDKSLSHGDCLLIAQRAVCSKPLPDHLPLARNITLQCSRDSQFKINCDAAFDVGRGFGFGVVSTNKDGTLVGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器