同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004050

染色体: Chr07 坐标: 51810645-51815960 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr07G004050
名称SmilChr07G004050
描述uncharacterized SmilChr07G004050
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向51810645 - 51815960 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994731
GeneID130994731
locus_tag-
NCBI 名称LOC130994731
原始查询SmilChr07G004050

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Myosin heavy chain-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842636]; symbol=AT1G63300; hit=AT1G63300; species=arabidopsis; confidence=high
产物Myosin heavy chain-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842636]; symbol=AT1G63300; hit=AT1G63300; species=arabidopsis; confidence=high
拟南芥AT1G63300 (AT1G63300)
Myosin heavy chain-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842636]
identity=45.04; qcov=0.993; evalue=0.0; confidence=high
水稻Os03g0107400
-
identity=24.82; qcov=0.83; evalue=5.27e-29; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF10358 (NT-C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994731

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞膜 0.60000 XP_057775780.1
2 细胞质基质 0.40000 XP_057775780.1
3 细胞质 0.20000 XP_057775780.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:51810871 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:51810954 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr7:51811616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr7:51812139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr7:51812285 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B104,B36,C35
Chr7:51812297 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,A21,B21,B40,C10
Chr7:51812369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,A21,B20,B40
Chr7:51812392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr7:51812562 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr7:51812582 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B26,B58,B66
Chr7:51812659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B99,C50,C55,C73
Chr7:51812666 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 33 A15,A21,B104,B113,B12,B127,B131,B134,B16,B22,B25,B26,B27,B32,B34,B36,B43,B58,B62,B66,B99,C32,C37,C45,C48,C50,C54,C55,C60,C7,C73,C75,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775780.1
994 aa
N
1
497
994
NT-C2
C
PF10358 NT-C2 11-140 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057775780.1 Pfam PF10358 NT-C2 Domain 11 140 1.9e-21 76.9 N-terminal C2 in EEIG1 and EHBP1 proteins

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919797.1
CAAAAATACTCGAAAACAAAAAGTTCACTCACAGAAGCTTCAACCTCACCTCAACTTTTCTCCTTCTCAGAAAAGAGAAGAAGATAAAATAAAAACCAAAAAAATAATGGTCCATACATACATAAACCCCAAAAACTCCCAAACAAATAAACTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCAACAGCCAGCCCATACAGTACTTTTATGGAGTTATGGCGAAATGCTGAAAGAAAGAGCACACAATAACTCAATCTTTCTCAGCCTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057775780.1_39324
ATGTTCAAGCCGGCGCGATGGTGGAGCGACAAGCACAGAATCAAAGCTGTTTTCAAGTTGCACTTTCATGCATCTCAGGTGACACAGGTTGGAGGGGATGGATTGATGGTCTCCGTTGTCTCCGGAGATACCGGCAAGCCCTCTGCGAGGTCGGAAAAGGCTGCAGTCCGAGATGGGGGTTGTGTGTGGGAGAATCCAGTTTATGAGACTGTCAAGTTCAATAGGGATCCAAAATCAGGGAAGATTCATCAAAAGATGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775780.1
MFKPARWWSDKHRIKAVFKLHFHASQVTQVGGDGLMVSVVSGDTGKPSARSEKAAVRDGGCVWENPVYETVKFNRDPKSGKIHQKMYLLVLSTGSSRSGAVGEASIDFSIYAEASKPSLASLPLKNSKGEAILHVSIQRVHDQREIEENEDASLYSHGDDADGAFRSDSVEEDPPSSKAEFETTLRASSGSDITLSSSGSSSGLEAPWEMQTKNEPVRYLTTPGPKSDTPSPVHRSSWEWLRDSVTPNDTSRSALGGTFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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