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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004060`

染色体: Chr07 坐标: 51898957-51900540 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004060`
名称	SmilChr07G004060
描述	uncharacterized SmilChr07G004060
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	51898957 - 51900540 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994371`
GeneID	`130994371`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994371`
原始查询	`SmilChr07G004060`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=37.3; qcov=0.763; evalue=3.21e-43; confidence=medium
Rice	`Os06g0597250` - identity=38.2; qcov=1.1; evalue=6.99e-72; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994371

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775399.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057775399.1`
3	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057775399.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775399.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775399.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:51899423`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B19,B22,C71
`Chr7:51899433`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr7:51899457`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B108
`Chr7:51899457`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr7:51899467`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,B84
`Chr7:51899494`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B42,B43,B47,C50,C70
`Chr7:51899494`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B42,B43,B47,C50,C70
`Chr7:51899547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B101,B8
`Chr7:51899547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B8
`Chr7:51899587`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A8,C56
`Chr7:51899587`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,C56
`Chr7:51899595`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775399.1

401 aa

200

401

DUF8418

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF28509 DUF8418 61-97 aa PF04827 Plant_tran 214-344 aa PF13359 DDE_Tnp_4 217-335 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775399.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	61	97	1.2e-15	57.7	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057775399.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	214	344	2.5e-52	178.2	Plant transposon protein
`XP_057775399.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	217	335	2.4e-07	31.2	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919416.1
ATGTCTTCCTCCTCATCAAGCCACGAGGACGAGCGACGTGCTCAAGAATTTTCCAATCTTGTGCAAGAATTTAATCAAATTGTTCAAGCTATTGGTGATTCGGATGCGCAACCTCGTCGTTGGCGACGAAGAGTGGCAAAGAAGGCCTACATTTATCGGGACCGTGAAGCCGACGCTCTACATTTGCACGCGGATTACTTTGACGAAAATTCGGTCTACCCCGACAACGTCTTCCGCCGTCGATTTTGCACGCGTCGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994371
ATGTCTTCCTCCTCATCAAGCCACGAGGACGAGCGACGTGCTCAAGAATTTTCCAATCTTGTGCAAGAATTTAATCAAATTGTTCAAGCTATTGGTGATTCGGATGCGCAACCTCGTCGTTGGCGACGAAGAGTGGCAAAGAAGGCCTACATTTATCGGGACCGTGAAGCCGACGCTCTACATTTGCACGCGGATTACTTTGACGAAAATTCGGTCTACCCCGACAACGTCTTCCGCCGTCGATTTTGCACGCGTCGTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775399.1
MSSSSSSHEDERRAQEFSNLVQEFNQIVQAIGDSDAQPRRWRRRVAKKAYIYRDREADALHLHADYFDENSVYPDNVFRRRFCTRRALFLRIVNVVQSDSYFQQRTDALGRPGFTLLQKCTVAVRMLANCGAADQYVGVLVQILSSHYSTLRRRILEEAGFRRVPTASSNARSEARLPGNAREPRLHALAVEELGNRPSSSKSSHRKIYGSGMLFFGTPGSNNDINVFNNSTLFNDRLQGMGVPVTYQVNNAYYTSVYYL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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