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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004090

染色体: Chr07 坐标: 52434993-52444450 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004090
名称SmilChr07G004090
描述uncharacterized SmilChr07G004090
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向52434993 - 52444450 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994761
GeneID130994761
locus_tag-
NCBI NameLOC130994761
原始查询SmilChr07G004090

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bZIP transcription factor, putative (DUF1664) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839041]; symbol=AT1G24265; hit=AT1G24265; species=arabidopsis; confidence=medium
产物bZIP transcription factor, putative (DUF1664) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839041]; symbol=AT1G24265; hit=AT1G24265; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G24265 (AT1G24265)
bZIP transcription factor, putative (DUF1664) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839041]
identity=42; qcov=0.856; evalue=5.28e-72; confidence=medium
RiceOs01g0100800
-
identity=38.2; qcov=0.756; evalue=1.68e-54; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF07889 (DUF1664)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994761

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057775804.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057775804.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057775804.1
4 Peroxisome membrane 过氧化物酶体膜 0.20000 XP_057775804.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775804.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:52435299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr7:52442292 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 9 A13,B113,B134,B36,B78,B91,C58,C59,C73
Chr7:52442326 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 77 A1,A22,A24,A25,A7,B1,B100,B105,B110,B112,B117,B118,B122,B123,B124,B125,B126,B13,B131,B135,B136,B14,B140,B18,B20,B23,B26,B27,B3,B35,B40,B44,B47,B49,B50,B54,B60,B64,B71,B81,B82,B83,B86,B88,B89,B95,B96,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C18,C19,C2,C20,C21,C25,C27,C28,C3,C33,C39,C41,C43,C47,C48,C50,C62,C79,C80,C82,C84,C9,D10,D8
Chr7:52442355 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B46
Chr7:52442355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr7:52442357 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr7:52442383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B119
Chr7:52443019 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr7:52443059 T TGC 2bp_insertion frameshift_variant 20 A19,A6,B100,B31,B32,B4,B54,B74,B90,B91,B92,B97,C12,C14,C35,C47,C72,D1,D10,D9
Chr7:52443061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:52443182 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 4 A18,B140,B73,C30
Chr7:52443182 GT G 1bp_deletion CDS_variant 4 A18,B140,B73,C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775804.1
353 aa
N
1
176
353
DUF1664
C
PF07889 DUF1664 94-212 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775804.1 Pfam PF07889 DUF1664 Coiled-coil 94 212 3.6e-38 131.1 Protein of unknown function (DUF1664)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919821.1
GTTTAATTCTAATGCCTTGTTTTTCCCACAAGACACAAGGGTTTGAACAAATTTGGTTGTGGGCTAGAGCCACTCTACTTTTCTTTATATCCAATACTAAAATAGGGGTTTCGCTAACCAAGCTGCTCAATTTCGGAATCCCCATTTCTCCACTCTAGTCGATAATCACCCAAAGCTCGTGGAGTATCGATTTACTTATTTTCGATTTGATCCCTCTTTTTTGTTTTTCGTCGAGAATTTGTAAATGTTCGTTTTTTTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994761
ATGGCGCTTCCTCTCGGCAAGCTCTCGCTCATCGTTGGTGCAGGCCTTGTGGGATCGGTTCTTGCTAAGGAGGGCCGGATATCTAATGTTTCGGACTTTTTCTCTGGTGCATTTAAGATTATTTTCAAGCAACTTAAACAAGATGGTCCAGCTACTTCCCAACCCAAACCGCGAAATGATTCTTTGATGCAACAGGTTAACAGCCTGCGAGAAGAGCTGCAACTATTGGCATCAAATAGATCTGTTACGATTGTTACTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775804.1
MALPLGKLSLIVGAGLVGSVLAKEGRISNVSDFFSGAFKIIFKQLKQDGPATSQPKPRNDSLMQQVNSLREELQLLASNRSVTIVTGERSASGKYGIVIITIVVGYGYIWWKGWKISDMMFATRRGLNDACSSVAKQLDTVYSSVSVTKRDLSSRINRVGCKIDEAADDTTATKETMSVVRGEVKSLDSKLKNVTHVVQSLKTRVNMMVVRQNGLNSGVENLVGFGYAWNLENSKSMEQIGGAASSFPKLALEDSKASPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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