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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004119

染色体: Chr07 坐标: 52866359-52869364 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004119
名称SmilChr07G004119
描述GDP-mannose transporter GONST1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向52866359 - 52869364 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994780
GeneID130994780
locus_tag-
NCBI NameLOC130994780
原始查询SmilChr07G004119

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDP-mannose transporter GONST1-like
产物GDP-mannose transporter GONST1-like
ArabidopsisAT2G13650 (GONST1)
golgi nucleotide sugar transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815850]
identity=81; qcov=0.834; evalue=4.63e-56; confidence=high
RiceOs03g0826300
-
identity=63; qcov=0.821; evalue=2.92e-41; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994780

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057775830.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057775830.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057775830.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775830.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775830.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:52866983 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 8 B1,B24,B36,B45,C22,C25,C30,C79
Chr7:52866998 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 13 A2,B115,B16,B18,B50,B51,B66,B72,B95,C12,C3,C42,C76
Chr7:52867033 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C19,C61,C80
Chr7:52867037 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr7:52867198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B53,B71,C45
Chr7:52867210 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 10 A9,B112,B31,B50,B56,B86,B91,C23,C58,D11
Chr7:52867216 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 2 B31,B91
Chr7:52867216 TGC T 2bp_deletion CDS_variant 2 B31,B91
Chr7:52867221 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 2 B31,B91
Chr7:52867221 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 2 B31,B91
Chr7:52867228 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B12,B127,B68,C82
Chr7:52868284 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091929.1
CACATTTTAAATCTGAAATCATCGCCGCCGTGGTTCCGAAATCTCAGGCGACGTTGTCGCCCTAAGGCCGACGTTGCTCCGCCTGAAAACGCCGCCACCGCCGCGCACAGAGTCGCTGCTGCTGTCTCTCAGATTTAGGGGAGGCCGCTCAAAATTGAGCCTTAATTCTCCCCCTTCCAGATCGAGCCCTAGCTCTTCTCCTGCCGATTCAGTTCGGCCGTTGCCGCCGCGTGTGGAATACCTGCAAATCGGCGTCCTCC...
XR_009091928.1
CACATTTTAAATCTGAAATCATCGCCGCCGTGGTTCCGAAATCTCAGGCGACGTTGTCGCCCTAAGGCCGACGTTGCTCCGCCTGAAAACGCCGCCACCGCCGCGCACAGAGTCGCTGCTGCTGTCTCTCAGATTTAGGGGAGGCCGCTCAAAATTGAGCCTTAATTCTCCCCCTTCCAGATCGAGCCCTAGCTCTTCTCCTGCCGATTCAGTTCGGCCGTTGCCGCCGCGTGTGGAATACCTGCAAATCGGCGTCCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994780
ATGGATACTGCAAAGCAAGTCACTAAATCTGGAGAGTTGAACGAGTTCTCAATGGTCTTGCTAAACAATACCCTCTCCTTGGCTTTGGGACTTTTGCTCATTTTTGTTTTCAATGAGGTCGATTATCTTTCACAAACACCACTATTGAGACTGCCTACGTTCTGGCTGGTGATGACTTTTAGTGGATTCCTAGGTTTGGCAATCAGCTTCACGTCCATGTGGTTTCTCCATCATACAAGGGCTACTACGTACAGCCTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775830.1
MDTAKQVTKSGELNEFSMVLLNNTLSLALGLLLIFVFNEVDYLSQTPLLRLPTFWLVMTFSGFLGLAISFTSMWFLHHTRATTYSLVGSLNKIPLSVAGIFLFKATSLENSASIFFVLDASSCCQEEHLIVSNFMMIFRFRGCCL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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