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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004144

染色体: Chr07 坐标: 53258439-53268046 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004144
名称SmilChr07G004144
描述signal peptide peptidase-like 2
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向53258439 - 53268046 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994855
GeneID130994855
locus_tag-
NCBI NameLOC130994855
原始查询SmilChr07G004144

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述signal peptide peptidase-like 2
产物signal peptide peptidase-like 2
ArabidopsisAT1G63690 (SPPL2)
SIGNAL PEPTIDE PEPTIDASE-LIKE 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842673]
identity=80.1; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0730900 (SPPL5)
-
identity=74; qcov=0.935; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005765 (lysosomal membrane); GO:0030660 (Golgi-associated vesicle membrane); GO:0033619 (membrane protein proteolysis); GO:0042500 (aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving); GO:0098553 (lumenal side of endoplasmic reticulum membrane); GO:0098554 (cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane)
KEGG-
PfamPF02225 (PA); PF04258 (Peptidase_A22B)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994855

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vesicle 囊泡 0.40000 XP_057775942.1
2 Endosome 内体 0.40000 XP_057775942.1
3 Endosome membrane 内体膜 0.40000 XP_057775942.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057775942.1
5 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057775942.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:53258729 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B6,C63,C67,C83
Chr7:53259776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:53259874 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr7:53260542 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:53260594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr7:53261080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr7:53261637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr7:53261668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr7:53261717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,C60
Chr7:53261737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B61
Chr7:53264361 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr7:53264499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B4,B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775942.1
538 aa
N
1
269
538
PA
Peptidase_A22B
C
PF02225 PA 90-167 aa PF04258 Peptidase_A22B 243-521 aa
XP_057775944.1
538 aa
N
1
269
538
PA
Peptidase_A22B
C
PF02225 PA 90-167 aa PF04258 Peptidase_A22B 243-521 aa
XP_057775945.1
538 aa
N
1
269
538
PA
Peptidase_A22B
C
PF02225 PA 90-167 aa PF04258 Peptidase_A22B 243-521 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775942.1 Pfam PF02225 PA Domain 90 167 6.2e-14 52.6 PA domain
XP_057775942.1 Pfam PF04258 Peptidase_A22B Family 243 521 9e-102 341.3 Signal peptide peptidase
XP_057775944.1 Pfam PF02225 PA Domain 90 167 6.2e-14 52.6 PA domain
XP_057775944.1 Pfam PF04258 Peptidase_A22B Family 243 521 9e-102 341.3 Signal peptide peptidase
XP_057775945.1 Pfam PF02225 PA Domain 90 167 6.2e-14 52.6 PA domain
XP_057775945.1 Pfam PF04258 Peptidase_A22B Family 243 521 9e-102 341.3 Signal peptide peptidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919959.1
AACAGACATTAATTTTTGGAACAAAATCATGCTCTTTGCAACTATTGAGAGAATAAACAGAAACACGATCTCAGATTGAAAAACCAAGAAATATTTAAAGCAGCCCTTCTTCTAATTTGGTTGACTCCGTTGATTCTTTAAGTCCCTTTTTCTCTCTCTCTCTAGACTTCACCGGAGGTGGAAGTGTCATTGCGGTGGAGAAGATGCAGTGAGAGAGTTAACAAGAACTTGAAGGGAGTTAGAATTACTGATCGCATTTT...
XM_057919961.1
TTTGGAACAAAATCATGCTCTTTGCAACTATTGAGAGAATAAACAGAAACACGATCTCAGATTGAAAAACCAAGAAATATTTAAAGCAGCCCTTCTTCTAATTTGGTTGACTCCGTTGATTCTTTAAGTCCCTTTTTCTCTCTCTCTCTAGACTTCACCGGAGGTGGAAGTGTCATTGCGGTGGAGAAGATGCAGTGAGAGAGTTAACAAGAACTTGAAGGGAGTTAGAATTACTGATCGCATTTTCTGATGGATGTTAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130994855
ATGGATGTTAAGAGGATTTGCTTATGGGCTGCTTTAATGCTTTTCCTAAGCAATTACGGTGGAGTGTGGGCTGGTGACATTGTTCATGATGATGATTTGGCTCCCAAGAAGCCCGGTTGCGAGAATGATTTTGTGCTCGTAAAAGTTCAAACTTGGGTTGATGGCGTAGAAGATGTGGAATTTGTTGGTGTCGGTGCTAGATTTGGTAAGACCATAGTATCGAAAGAGAAAAATGCTAATCAAACTCGCCTGGCTCTATC...
LOC130994855
ATGGATGTTAAGAGGATTTGCTTATGGGCTGCTTTAATGCTTTTCCTAAGCAATTACGGTGGAGTGTGGGCTGGTGACATTGTTCATGATGATGATTTGGCTCCCAAGAAGCCCGGTTGCGAGAATGATTTTGTGCTCGTAAAAGTTCAAACTTGGGTTGATGGCGTAGAAGATGTGGAATTTGTTGGTGTCGGTGCTAGATTTGGTAAGACCATAGTATCGAAAGAGAAAAATGCTAATCAAACTCGCCTGGCTCTATC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057775942.1
MDVKRICLWAALMLFLSNYGGVWAGDIVHDDDLAPKKPGCENDFVLVKVQTWVDGVEDVEFVGVGARFGKTIVSKEKNANQTRLALSDPRDCCSPPKKKFLGDVVMVDRGKCKFTVKANFAEAAGASAVLIINNQKELYKMVCEPDETDLDIQIPAVMLPQDAGATLQKLLSNGSSVSVQLYSPWRPVVDIAEVFLWLMAVGTILCASYWSAWSAREAAIEQDKFFKDGTEEFPSIKSSGGSSVVDINTTSAILFIVIAS...
XP_057775944.1
MDVKRICLWAALMLFLSNYGGVWAGDIVHDDDLAPKKPGCENDFVLVKVQTWVDGVEDVEFVGVGARFGKTIVSKEKNANQTRLALSDPRDCCSPPKKKFLGDVVMVDRGKCKFTVKANFAEAAGASAVLIINNQKELYKMVCEPDETDLDIQIPAVMLPQDAGATLQKLLSNGSSVSVQLYSPWRPVVDIAEVFLWLMAVGTILCASYWSAWSAREAAIEQDKFFKDGTEEFPSIKSSGGSSVVDINTTSAILFIVIAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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