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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004158`

染色体: Chr07 坐标: 53450446-54617609 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004158`
名称	SmilChr07G004158
描述	uncharacterized SmilChr07G004158
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	53450446 - 54617609 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994894`
GeneID	`130994894`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994894`
原始查询	`SmilChr07G004158`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717339]; symbol=AT1G48720; hit=AT1G48720; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717339]; symbol=AT1G48720; hit=AT1G48720; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT1G48720` (AT1G48720) Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717339] identity=67; qcov=0.242; evalue=1.48e-39; confidence=weak
Rice	`Os11g0656500` - identity=26.3; qcov=1.09; evalue=6.5e-33; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF13961 (DUF4219); PF14223 (Retrotran_gag_2); PF22936 (Pol_BBD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994894

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057775998.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057775998.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057775998.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775998.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775998.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:54616189`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B126
`Chr7:54616189`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B126
`Chr7:54616190`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B26,B40,B42,B43,B86
`Chr7:54616196`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B66,B98
`Chr7:54616203`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,C5
`Chr7:54616234`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B89,C87
`Chr7:54616238`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B55
`Chr7:54616238`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B55
`Chr7:54616246`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr7:54616247`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B67,C63
`Chr7:54616267`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,B102
`Chr7:54616274`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B128,B93,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775998.1

376 aa

188

376

DUF4219

Retrotran_gag_2

Pol_BBD

PF13961 DUF4219 12-38 aa PF14223 Retrotran_gag_2 24-205 aa PF22936 Pol_BBD 335-376 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775998.1`	Pfam	`PF13961`	DUF4219	Domain	12	38	3.4e-10	40.1	Domain of unknown function (DUF4219)
`XP_057775998.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	24	205	1.6e-34	119.8	gag-polypeptide of LTR copia-type
`XP_057775998.1`	Pfam	`PF22936`	Pol_BBD	Domain	335	376	3.3e-12	47.3	Pol polyprotein, beta-barrel domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920015.1
TATTTTGTAATAGTAAAATAAGTATAAAAATCTAGATAGAAATCAAGAGAATTCTAGAATTCTCACTTGACTACTATATATATGTGGAGGTTGTATCAATTGTTAAGAATGAAGTGAATTGAAGAGAAGATTGTGTTAGCAAACTCCAATCCTCCCACTCAAATTCTTAAGCACACACACGTCCACAACCAATTTCTCTAAATTTCCTCCTACCAATTAAATAAATTCTCCATTATATATACTTATATTCCAACAAAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994894
ATGGCCAACCTACAATCGTTTCAAGTCCCCATGCTCAACAAGAGCAACTTCGACAATTGGAGCATCAAGATGAAGGCGCTATTGGGAGCCCACGACGTTTGGGAGATTGTGGAGAACGGCTACGAAGAGCCGCAGGACGAGGCCGCACTATCCCAACAACAAAAGGATAGATTGCGAGATGCGAGAAAGAGAGACAAGAAGGCTCTCTGTCTCATTTATCAAGCGCTGGGGGACGACGATTTCGAGAAGATCTCGAATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775998.1
MANLQSFQVPMLNKSNFDNWSIKMKALLGAHDVWEIVENGYEEPQDEAALSQQQKDRLRDARKRDKKALCLIYQALGDDDFEKISNASTAKEAWEKLQNACKGAEQVKKVRLQTLRGEFESLHMKESESISDYFSRVLAVSNQMKRNGEKLEDVRIMEKILRSLTPKFEHIVVTIEETKNLEEMTIDLLLGSLQAYEEKQKKKQEISEQLLKLQVSPKEKEEGPSNGHGQFGRGRGQGQDRGRGRGRGRGRGGFVNSSER...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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