Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004167`

染色体: Chr07 坐标: 53575057-53577097 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004167`
名称	SmilChr07G004167
描述	BTB/POZ domain-containing protein At5g41330
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	53575057 - 53577097 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994868`
GeneID	`130994868`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994868`
原始查询	`SmilChr07G004167`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	BTB/POZ domain-containing protein At5g41330
产物	BTB/POZ domain-containing protein At5g41330
Arabidopsis	`AT5G41330` (AT5G41330) BTB/POZ domain with WD40/YVTN repeat-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834135] identity=61.9; qcov=0.967; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0419200` - identity=41.4; qcov=0.677; evalue=4.04e-76; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0051260 (protein homooligomerization)
KEGG	-
Pfam	PF02214 (BTB_2); PF25279 (Beta_prop_At2g24240)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994868

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775962.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057775962.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775962.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775962.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775962.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:53575318`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B131,B2
`Chr7:53575337`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B120
`Chr7:53575401`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,C57,C61
`Chr7:53575458`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,A8,B13,B140
`Chr7:53575472`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,B134,B34,B99,C23
`Chr7:53575487`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C30
`Chr7:53575487`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C30
`Chr7:53575570`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,B91
`Chr7:53575584`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,B91
`Chr7:53575627`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:53575777`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B31,B34,B7,B99,C23
`Chr7:53575820`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C58,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775962.1

461 aa

230

461

BTB_2

Beta_prop_At2g24240

PF02214 BTB_2 23-108 aa PF25279 Beta_prop_At2g24240 135-457 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775962.1`	Pfam	`PF02214`	BTB_2	Domain	23	108	6.2e-11	43.2	BTB/POZ domain
`XP_057775962.1`	Pfam	`PF25279`	Beta_prop_At2g24240	Repeat	135	457	3.2e-16	59.8	At2g24240-like, C-terminal beta propeller

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919979.1
TCCCAAATATAACAATATTAAAATCAATTTTGTTTGTCCTAACTTGCTAAGAGCCTTCGTTTTCTAGCCTTTGTTGACCGAACCCACGCTGACCTTCTAGATATTCTCCTTCTCGTTTTCTCTTCAACGCCCCTCTCTCTACAAAACCAGGCCTCCATTGTTTTCTGCTCTTACTTTTCTTCCACATTTCCATTTCACAAACGCTAAATTTCACTCTTATTTACTCCACTCTTAAATACTACTTCCAAAATCGGAGTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994868
ATGCCGCCTTTTCAAGGATCGAAGGCGCGTTTGAACGGCGCTCATCACGGTTCCAATTCGAACGTGGTCACAATCGATGTGGGCGGCCAGCTTTTCCAGACGACCAAACAAACCCTATCCTCGGTCGGCTCCAAATCCTTCTTCTCGAAGGTGGTTTCCGACTCCAATGGCGCAATCCCCTTCATCGACAGGGACCCCGAGCTCTTCTCTCTCTTCCTCTCCCTCCTCCGCACCGGCAACCTCCCCTCCAAGGCGAAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775962.1
MPPFQGSKARLNGAHHGSNSNVVTIDVGGQLFQTTKQTLSSVGSKSFFSKVVSDSNGAIPFIDRDPELFSLFLSLLRTGNLPSKAKSFDMQDLIFESRFYGIEDLLINSQSNPAQFDAFNLEKSLILPLSGRDSPSAIATTPYGSLHVAHGSKITSFDWSLRRKSTILTQFMAVDSLLALSPSLAAAGATDFSGLQILDLDEGTVADTLNWENVTRSGSTVQAIGASNEHLFTSFESSRRNSNCIMVYDLRDDLRAVTTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器