Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004198`

染色体: Chr07 坐标: 54020040-54021239 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004198`
名称	SmilChr07G004198
描述	uncharacterized SmilChr07G004198
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	54020040 - 54021239 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994959`
GeneID	`130994959`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994959`
原始查询	`SmilChr07G004198`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994959

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057776155.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057776156.1`
3	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057776155.1`
4	Nuclear body	核内小体	0.20000	`XP_057776156.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776155.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:54020286`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr7:54020311`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:54020325`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	27	A22,B126,B135,B136,B28,B38,B39,B4,B54,B55,B57,B79,B81,B82,B90,B92,C27,C29,C31,C55,C58,C6,C62,C63,C67,C78,C9
`Chr7:54020454`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr7:54020485`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B21,C26
`Chr7:54020492`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:54020499`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,B5,C76
`Chr7:54020501`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B30,C16
`Chr7:54020791`	`G`	`GTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C8
`Chr7:54020791`	`G`	`GTT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C8
`Chr7:54020812`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	31	A14,A2,A22,B106,B109,B117,B124,B2,B20,B22,B24,B37,B40,B55,B6,B87,B93,C40,C48,C49,C54,C61,C62,C63,C7,C78,C79,C9,D2,D5,D9
`Chr7:54020978`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920173.1
TAAAGAGAAAAATAGGGCCAAATGGCCCAAAAGTCGAAGACGCATCAATGACGCCTGAAAAAACAAAAACTATTGAAGAAGGTGCAGAACACACGACGCCGGAAAACCCAATAGACGTACTAGAAGATTACTGCCTTGGAATGACGCAAATGGGGAATGAAGCAATGACGTCAAATGCTGTGACAGGAGATGGAACTGTGGGAATGAACATGGAGACTGAATATCACTTTGAAGATGGGGGTGCAGAGGATGTGGAGCGC...

XM_057920172.1
ATGACGCCTGAAAAAACAAAAACTATTGAAGAAGGTGCAGAACACACGACGCCGGAAAACCCAATAGACGTACTAGAAGATTACTGGTACGATATTGAGACATACAAATCCTGTGATGATTCAGTTCTTAAGTTTACGTCTAGACGACCACTGATTGATGACATTCCATCGTTCAGCCTTGGAATGACGCAAATGGGGAATGAAGCAATGACGTCAAATGCTGTGACAGGAGATGGAACTGTGGGAATGAACATGGAGAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130994959
ATGACGCCTGAAAAAACAAAAACTATTGAAGAAGGTGCAGAACACACGACGCCGGAAAACCCAATAGACGTACTAGAAGATTACTGCCTTGGAATGACGCAAATGGGGAATGAAGCAATGACGTCAAATGCTGTGACAGGAGATGGAACTGTGGGAATGAACATGGAGACTGAATATCACTTTGAAGATGGGGGTGCAGAGGATGTGGAGCGCGGCACTACTGAGGCTTTGGGCAGTAACATGGATGTTGGGCCGACGGC...

LOC130994959
ATGACGCCTGAAAAAACAAAAACTATTGAAGAAGGTGCAGAACACACGACGCCGGAAAACCCAATAGACGTACTAGAAGATTACTGGTACGATATTGAGACATACAAATCCTGTGATGATTCAGTTCTTAAGTTTACGTCTAGACGACCACTGATTGATGACATTCCATCGTTCAGCCTTGGAATGACGCAAATGGGGAATGAAGCAATGACGTCAAATGCTGTGACAGGAGATGGAACTGTGGGAATGAACATGGAGAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057776155.1
MTPEKTKTIEEGAEHTTPENPIDVLEDYWYDIETYKSCDDSVLKFTSRRPLIDDIPSFSLGMTQMGNEAMTSNAVTGDGTVGMNMETEYHFEDGGAEDVERGTTEALGSNMDVGPTAEDFTFATTPQVGVIGELPGNVEVQPQLRVRINLTRVLLPT

XP_057776156.1
MTPEKTKTIEEGAEHTTPENPIDVLEDYCLGMTQMGNEAMTSNAVTGDGTVGMNMETEYHFEDGGAEDVERGTTEALGSNMDVGPTAEDFTFATTPQVGVIGELPGNVEVQPQLRVRINLTRVLLPT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器