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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004220

染色体: Chr07 坐标: 54414523-54416311 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004220
名称SmilChr07G004220
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09900-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向54414523 - 54416311 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994907
GeneID130994907
locus_tag-
NCBI NameLOC130994907
原始查询SmilChr07G004220

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09900-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09900-like
ArabidopsisAT1G63070 (AT1G63070)
pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842610]
identity=36.8; qcov=0.971; evalue=7.5e-69; confidence=medium
RiceOs03g0569800
-
identity=36.1; qcov=0.879; evalue=4.18e-61; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994907

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057776024.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057776024.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057776024.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776024.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776024.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:54414716 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B32
Chr7:54414716 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B32
Chr7:54414730 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B95
Chr7:54414730 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B95
Chr7:54414737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B65
Chr7:54414741 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B65
Chr7:54414758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B65
Chr7:54414760 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B65
Chr7:54414774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B65
Chr7:54414939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B51
Chr7:54414942 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B51
Chr7:54414977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776024.1
347 aa
N
1
174
347
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_long
PPR_3
PPR_1
TPR_24
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 5-29 aa PF13812 PPR_3 23-81 aa PF12854 PPR_1 31-60 aa PF13041 PPR_2 32-81 aa PF01535 PPR 36-64 aa PF13812 PPR_3 57-118 aa PF12854 PPR_1 64-98 aa PF01535 PPR 70-103 aa PF13041 PPR_2 84-119 aa PF17177 PPR_long 84-229 aa PF13812 PPR_3 93-126 aa PF12854 PPR_1 101-130 aa PF23276 TPR_24 102-201 aa PF13041 PPR_2 105-153 aa PF01535 PPR 108-138 aa PF13812 PPR_3 130-185 aa PF12854 PPR_1 136-169 aa PF01535 PPR 144-170 aa PF13041 PPR_2 144-189 aa PF12854 PPR_1 173-202 aa PF01535 PPR 179-208 aa PF13041 PPR_2 179-224 aa PF13812 PPR_3 198-255 aa PF12854 PPR_1 206-237 aa PF13041 PPR_2 210-259 aa PF01535 PPR 213-243 aa PF23276 TPR_24 215-303 aa PF13812 PPR_3 234-290 aa PF12854 PPR_1 241-274 aa PF13041 PPR_2 245-293 aa PF01535 PPR 249-278 aa PF01535 PPR 283-306 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776024.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 5 29 5.6e-69 224.4 PPR repeat
XP_057776024.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 23 81 6.6e-47 158.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057776024.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 31 60 1.6e-92 303.6 PPR repeat
XP_057776024.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 32 81 1.3e-114 374.9 PPR repeat family
XP_057776024.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 36 64 5.6e-69 224.4 PPR repeat
XP_057776024.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 57 118 6.6e-47 158.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057776024.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 64 98 1.6e-92 303.6 PPR repeat
XP_057776024.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 70 103 5.6e-69 224.4 PPR repeat
XP_057776024.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 84 119 1.3e-114 374.9 PPR repeat family
XP_057776024.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 84 229 9.1e-17 61.8 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057776024.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 93 126 6.6e-47 158.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057776024.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 101 130 1.6e-92 303.6 PPR repeat
XP_057776024.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 102 201 6.4e-23 81.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057776024.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 105 153 1.3e-114 374.9 PPR repeat family
XP_057776024.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 108 138 5.6e-69 224.4 PPR repeat
XP_057776024.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 130 185 6.6e-47 158.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057776024.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 136 169 1.6e-92 303.6 PPR repeat
XP_057776024.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 144 170 5.6e-69 224.4 PPR repeat
XP_057776024.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 144 189 1.3e-114 374.9 PPR repeat family
XP_057776024.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 173 202 1.6e-92 303.6 PPR repeat
XP_057776024.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 179 208 5.6e-69 224.4 PPR repeat
XP_057776024.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 179 224 1.3e-114 374.9 PPR repeat family
XP_057776024.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 198 255 6.6e-47 158.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057776024.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 206 237 1.6e-92 303.6 PPR repeat
XP_057776024.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 210 259 1.3e-114 374.9 PPR repeat family
XP_057776024.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 213 243 5.6e-69 224.4 PPR repeat
XP_057776024.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 215 303 6.4e-23 81.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057776024.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 234 290 6.6e-47 158.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057776024.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 241 274 1.6e-92 303.6 PPR repeat
XP_057776024.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 245 293 1.3e-114 374.9 PPR repeat family
XP_057776024.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 249 278 5.6e-69 224.4 PPR repeat
XP_057776024.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 283 306 5.6e-69 224.4 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920041.1
TCACAACCAATTTCCAACAGTTCTTGGTTGAGAAAGAGGCCCAAGCCGTGAAATTGTTTGAAAAGGTTCTGGATTTGAAACTTTGTGTGCCTAATAGAGTAATGATTCTGCACGTGATAGATGGGCTGTGCAAATCTGGACAGGTCATTGCAGCCCGTGACTGGCTTCATAGATTAGAAAGTAGTGGGTGGAGTCCCCATGTTGAGGCTTATAACGCACTAATTGATGGATTATGCAGGGAAGGAAAGATGGAAGAGGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994907
ATGATTCTGCACGTGATAGATGGGCTGTGCAAATCTGGACAGGTCATTGCAGCCCGTGACTGGCTTCATAGATTAGAAAGTAGTGGGTGGAGTCCCCATGTTGAGGCTTATAACGCACTAATTGATGGATTATGCAGGGAAGGAAAGATGGAAGAGGTTTGGAATGCTTTAGAAAGTATGAGACAACAAAATGTTTGTCCTGATGTCTTCACTTTCACCATATTGATTAATGCATATTGTAATGAAGGAAAGATGGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057776024.1
MILHVIDGLCKSGQVIAARDWLHRLESSGWSPHVEAYNALIDGLCREGKMEEVWNALESMRQQNVCPDVFTFTILINAYCNEGKMEDVNNAKRLFDSMIERGLKPDVVTYSSLINGYCKKGSLDEAWLLFLEIPSKGLKHNAHTYTTMIHALFRKDRFVEGWKLFEDMEAQQVDPNLHTYNILLDGLCRNGEIDEALSLLHKINAKGFTPDIVTYGSLIDGLCKSGKRDVAIDLLRELPSKGLQPNVWIYTMIIDSLCRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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